Tiểu vùng Mê Công hiện có khoảng 15 cơ chế hợp tác với các ưu tiên, cách thức triển khai và thành viên khác nhau. Các cơ chế này có thể được chia thành 02 nhóm: (1) các cơ chế nội khối (thành viên gồm các quốc gia Tiểu vùng) và (2) các cơ chế hợp tác giữa các nước Tiểu vùng với các đối tác bên ngoài.
Hợp tác giữa các nước Tiểu vùng tập trung chủ yếu vào vấn đề khai thác tài nguyên nước giữa các thành viên ở vùng hạ lưu sông Mê Công; tận dụng lợi thế sông Mê Công để hợp tác phát triển kinh tế - xã hội. Các cơ chế hợp tác nội vùng hiện có gồm: Hợp tác tiểu vùng Mê Công mở rộng (GMS thành lập năm 1992); Ủy hội sông Mê Công (MRC thành lập năm 1995); Tam giác phát triển Việt Nam - Lào - Campuchia (CLV); Hợp tác bốn nước Campuchia - Lào - Myanmar - Việt Nam (CLMV); Chiến lược hợp tác kinh tế ba dòng sông Ayeyawadi-Chao Praya-Mekong (ACMECS).
Hợp tác các nước Tiểu vùng sông Mê Công với các đối tác bên ngoài tương
đối đa dạng, thể hiện rõ sự cạnh tranh ảnh hưởng, lợi ích của các nước lớn. Một số cơ chế tiêu biểu nhất là Hợp tác Mê Công - Nhật Bản, là cơ chế hợp tác giữa các nước hạ nguồn Mê Công với Nhật Bản, thành lập năm 2007; Sáng kiến hạ nguồn Mê Công (LMI) là cơ chế hợp tác giữa các nước hạ nguồn Mê Công với Mỹ, đã được nâng cấp thành “Quan hệ Đối tác Mê Công – Mỹ” vào tháng 9/2020; Hợp tác Mê Công - Lan Thương (MLC) là cơ chế hợp tác được thành lập năm 2015 giữa 6 nước ven sông gồm Việt Nam, Campuchia, Lào, Myanmar, Thái Lan và Trung Quốc; Hợp tác Tiểu vùng Mê Công mở rộng (GMS), là một trong những cơ chế hợp tác sớm nhất ở khu vực Mê Công, được Ngân hàng phát triển châu Á (ADB) khởi xướng năm 1992, gồm Campuchia, Myanmar, Thái Lan, Việt Nam, Trung Quốc (với hai tỉnh đại diện là Vân Nam và Quảng Tây).
Có thể thấy rằng, sau hơn 25 năm kể từ khi cơ chế hợp tác đầu tiên được