Hệ thống NHTM cần đ-ợc cơ cấu lại nhằm xây dựng những NHTM mạnh và thúc đẩy quá trình cạnh tranh. Khu vực ngân hàng hiện nay đang đứng tr-ớc một áp lực mạnh mẽ từ sự tăng tr-ởng chậm lại của nền kinh tế và điều kiện tài chính ngày một xấu đi của một bộ phận lớn doanh nghiệp Nhà n-ớc. Hiện nay tỷ lệ nợ bao gồm nợ quá hạn khó đòi và nợ chờ xử lý của các ngân hàng th-ơng mại đã lên tới 12,7 % cao hơn nhiều so với thông lệ quốc tế cho phép là 5%. chính vì vậy hệ thống NHTM cần đ-ợc cải cách theo một số vấn đề chính sau
Thứ nhất, cải tổ và cơ cấu lại hệ thống NHTM quốc doanh theo h-ớng tăng khả năng cạnh tranh và giảm mức độ độc quyền. Kinh nghiệm quốc tế đã chỉ ra rằng những hệ thống ngân hàng có tính cạnh tranh cao và hoạt động hiệu quả phải là một hệ thống có số l-ợng t-ơng đối ít, trong đó không có ngân hàng nào có quyền thống trị thị tr-ờng. Tr-ớc năm 1997,
nhìn chung hệ thống ngân hàng Việt nam bị chi phối bởi 4 NHTM quốc doanh với thị phần tiền gửi và tín dụng luôn trên 70%. Nh-ng kể từ năm 1997 trở lại đây, thị phần của các NHTM quốc doanh đã giảm đi nhanh chóng chỉ còn chiếm 40 - 50%, cùng với đó chỉ số độc quyền cũng giảm đi nhanh chóng từ khoảng 80% năm 1993 xuống còn khoảng 35% vào năm 1999, nghĩa là giảm đi 2,3 lần. trên thực tế, mặc dù cấu trúc thị tr-ờng đ-ợc cải thiện theo h-ớng tích cực nh-ng hiệu quả hoạt động của ngân hàng không tăng lên nh- mong đợi. Vì vậy cần phải tiếp tục tiến hành những cải cách để khắc phục những yếu kém của các NHTM quốc doanh. Đối với các ngân hàng th-ơng mại cổ phần phải có chiến l-ợc cơ cấu lại theo h-ớng tăng c-ờng sức cạnh tranh cho các ngân hàng đang hoạt động bình th-ờng, kiên quyết rút giấy phếp hoạt động của các ngân hàng thua lỗ mất khả năng trả nợ, giới hạn phạm vi hoạt động của các ngan hàng có một vài yếu kém trong hoạt động hoặc không đủ vốn pháp định và cơ cấu lại toàn bộ các ngân hàng yếu kém có mức độ rủi ro không trả đ-ợc nợ cao.
Thứ hai, cần phát triển một môi tr-ờng cạnh tranh hiệu quả trong hệ thống ngân hàng nói chung trên cơ sỏ đặt lợi nhuận lên hàng đầu. Các ngân hàng đ-ợc tự do hơn trong việc phản ứng lại với những tín hiệu của thị tr-ờng để chọn những khách hàng cho riêng mình, đặt mức lãi suất trên trên cơ sở lãi suất cơ bản. Cho phép các tổ chức n-ớc ngoài mở chi nhánh, liên doanh với các tổ chức trong n-ớc hay cung cấp những dịch vụ chuyên nghành từ n-ớc ngoài để tăng tính cạnh tranh trong hoạt động ngân hàng.
Thứ ba, cải cách các nguyên tắc quản lý quản trị ngân hàng và môi tr-ờng pháp lý. Hoàn thiện hệ thống thông tin rủi ro, việc kiểm soát phòng ngừa cần tăng c-ờng để xây dựng điều kiện thị tr-ờng trật tự trên cơ sở thông tin thị tr-ờng minh bạch, sự giám sát hữu hiệu của các hoath động ngân hàng.
Thứ t-, tăng c-ờng trang bị kĩ thuật tin học, hệ thống thu xử lí thông tin nhằm phục vụ tốt và nâng lên tầm hiện đại quá trình thanh toán qua ngân hàng; để các ngân hàng có thể thu thập kịp thời và xử lí nhanh nhạy các thông tin thị tr-ờng trong n-ớc và quốc tế, làm chỗ dựa cho việc ra các quyết định quản lý đúng đắn, các quyết định kinh doanh sát hợp.