Theo “Nguyên tắc quản lý rủi ro trong hoạt động ngân hàng điện tử” của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ban hành ngày 31/7/2006 thì “Rủi ro trong hoạt động ngân hàng điện tử là khả năng xảy ra tổn thất khi thực hiện các hoạt động ngân hàng điện tử.” Rủi ro trong hoạt động của dịch vụ ngân hàng điện tử làm ảnh hưởng đến uy tín, thương hiệu, hoạt động hàng ngày, gây thất thoát tài sản của ngân hàng và khách hàng. Các rủi ro này xảy ra bao gồm các hành động vô ý hay cố ý làm ảnh hưởng đến uy tín, thương hiệu, hoạt động hàng ngày, gây thất thoát tài sản của ngân hàng và khách hàng.
Rủi ro an ninh trong giao dịch ngân hàng điện tử là khả năng bị đánh cắp thông tin cá nhân. Mặc dù với nhiều biện pháp bảo mật nhưng khả năng bị lừa đảo, cài mã độc vào máy tính, điện thoại để lấy các thông tin cá nhân rất cao. Khả năng rủi ro nay nằm ngoài tầm kiểm soát của ngân hàng vì tội phạm thường tấn công vào chính khách hàng. Mối lo ngại khi bị mất thông tin như mật khẩu, mã PIN và bị sử dụng mà không cần sự cho phép của chủ sở hữu tài khoản. Khi sử dụng các dịch vụ NHĐT đều phải thông qua mạng internet, đây là môi trường chứa đựng nhiều rủi ro bị ăn cắp thông tin tài khoản, thông tin thẻ tín dụng, thông tin thẻ ATM, chiếm đoạt tiền của người khác.
Rủi ro hoạt động phát sinh từ khả năng thiếu hoàn chỉnh và độ tin cậy của hệ thống gây ra. Hoạt động của ngân hàng có thể bị tấn công từ bên trong hoặc bên ngoài hệ thống gây ra nhưng sai sót, nhầm lẫn khi cung cấp dịch vụ NHĐT. Rủi ro hoạt động có thể phát sinh từ việc khách hàng nhầm lẫn, do sai sót từ hệ thống ngân hàng do sự thiếu chính xác khi hoạt động. Trong khi dịch vụ NHĐT ngày càng phát triển, nhu cầu sử dụng của khách hàng ngày càng lớn, hệ thống ngân hàng chưa theo kịp sự phát triển, lỗi hệ thống do quá tải gây ra những sai sót, rủi ro cho khách hàng khi sử dụng dịch vụ.
Rủi ro chiến lược là sự biến động của thu nhập và nguồn vốn phát sinh từ những quyết định kinh doanh bất lợi, thực hiện không đúng các quyết định hay từ các thay đổi trong môi trường hoạt động của ngân hàng. Khi một dịch vụ NHĐT mới chuẩn bị được đưa ra thị trường cần phải nhất quán với chiến lược tài chính tổng thể của ngân hàng. Quy trình lập kế hoạch và ra quyết định phát triển một sản phẩm NHĐT nào đó phải dựa vào nhu cầu cụ thể của thị trường đang cần được đáp ứng hay nâng cao, thay vì đặt ra mục tiêu kinh doanh độc lập cho sản phẩm đó.
Rủi ro uy tín là rủi ro dư luận đánh giá xấu về ngân hàng gây khó khăn nghiêm trọng cho ngân hàng trong việc tiếp cận các nguồn vốn hoặc khách hàng rời bỏ ngân hàng. Rủi ro uy tín có thể phát sinh từ chính những hành động của ngân hàng, hoặc cách ngân hàng phản ứng trước hành động của các bên thứ ba đã tạo hình ảnh xấu về ngân hàng đối với công chúng. Rủi ro uy tín cũng có thể phát sinh từ các nhầm lẫn, hành động phi pháp và lừa đảo của các bên thứ ba.
Rủi ro pháp lý phát sinh từ những vi phạm, hoặc do không tuân thủ pháp luật, các quy định hoặc các thông lệ đã được xác lập, hoặc do quy định không rõ các quyền và nghĩa vụ pháp lý của các bên đối với giao dịch. Rủi ro pháp luật do trong quá trình thực hiện các dịch vụ NHĐT có những thời điểm không tuân thủ các quy định của pháp luật. Rủi ro này có thể dẫn đến hậu quả làm mất lòng tin, mất uy tín, mất khách hàng, thất thoát tài sản của ngân hàng hoặc nghiêm trọng hơn là dịch vụ NHĐT bị ngừng trệ do bị cơ quan chức năng kiểm tra yêu cầu.
Tóm lại, một hệ thống các dịch vụ ngân hàng điện tử được đánh giá là phát triển thì yếu tố an toàn là chỉ tiêu được xem xét hàng đầu. Do đó cần chuẩn hoá các giao dịch ngân hàng điện tử nhằm hạn chế các rủi ro để đảm bảo sự phát triển bền vững.