Quy trình kiểm toán được áp dụng tại chi nhánh Hà Nội gồm 5 bước (đã trình bày ở phần 2.1).Về cơ bản 5 bước này đã đáp ứng được yêu cầu về quy trình kiểm toán chung và tuân thủ chuẩn mực kiểm toán Việt Nam bao gồm các bước: chuẩn bị kiểm toán, thực hiện kiểm toán, kết thúc kiểm toán và phát hành báo cáo. Hơn nữa, A&C đã thiết kế được một chương trình kiểm toán chuẩn, dựa vào vào đó các KTV có thể thực hiện các bước công việc vì các giai đoạn kiểm toán đã được xây dựng và thực hiện theo một trình tự logic, khoa học phù hợp với hoạt động của các kiểm toán viên khi tác nghiệp, không gây ra sự khó khăn,phiền toái đối với khách hàng.
Không những vậy, vào năm 2008, công ty chính thức áp dụng chương trình kiểm toán mới được xây dựng dựa trên chương trình kiểm toán của tập đoàn HLBi. Chương trình kiểm toán này có vừa tính chuyên môn hoá, có tính chi tiết cao đồng thời nó mang tính chuẩn mực quốc tế cao hơn chương trình kiểm toán cũ do công ty tự xây dựng. Điều này có thể tạo ra một hi vọng rằng sẽ nâng cao được chất lượng các cuộc kiểm toán trong năm tới. Tuy nhiên, do mới được áp dụng lần đầu tiên tại Việt Nam vì vậy mà có thể chương trình kiểm toán này sẽ còn một số nhược điểm chưa thực sự được sửa đổi để phù hợp với điều kiện thực tế các doanh nghiệp Việt
thực hành kiểm toán vì không phải trong mọi trường hợp kiểm toán viên đều có thể thực hiện được tất cả các bước theo quy định của chương trình. Song ban lãnh đạo A&C đã có một quyết định nhằm giúp các KTV giải quyết vấn đề trên là cho phép các KTV có thể dựa trên chương trinh kiểm toán mới của HLBi để xây dựng chương trình kiểm toán cho từng doanh nghiệp tùy theo điều kiện cụ thể tại mỗi khách hàng, điều này sẽ giúp cho các cuộc kiểm toán đạt được chất lượng tốt nhất và KTV cũng dễ dàng hơn khi thực hiện cuộc kiểm toán.
Một điều mà không thể không nhắc tới đó là trong công tác tổ chức Hồ sơ kiểm toán tại Chi nhánh đã có những qui định phù hợp với hoạt động với hệ thống tham chiếu được xây dựng một cách rõ ràng, cụ thể, khoa học giúp cho việc lưu trữ, soát xét hồ sơ được thực hiện đầy đủ, nhanh chóng…nhưng cũng hết sức gọn nhẹ, dễ hiểu.