- Chủ quan:
+ Nhiều cấp ủy đảng, chính quyền nhận thức về nghiên cứu, ứng dụng và phát triển KH&CN chưa thật đầy đủ, chưa coi đây là một nhiệm vụ trọng tâm; chưa bố trí cán bộ lãnh đạo có đủ thẩm quyền trực tiếp chỉ đạo công tác KH&CN. Đầu tư nguồn lực cho KH&CN chưa tương xứng.
+ Việc thể chế hóa và tổ chức thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước về KH&CN còn thiếu chủ động, quyết liệt. Chưa có các giải pháp đồng bộ và cơ chế kiểm tra, giám sát hiệu quả.
Sự phối hợp giữa các bộ, ban, ngành và giữa TƯ với các địa phương chưa chặt chẽ; nhiều khó khăn, vướng mắc trong q trình thực hiện chậm được tháo gỡ.
+ Chưa tạo được môi trường minh bạch trong hoạt động KH&CN; thiếu quy định về dân chủ trong nghiên cứu KHXH&NV.
+ Chưa hình thành nhu cầu tự thân đủ mạnh của các doanh nghiệp trong việc phát huy vai trò của KH&CN.
+ Nhận thức của các cấp ủy Đảng, chính quyền về vai trị động lực, nền tảng của KH&CN đối với quá trình CNH, HĐH chưa đủ sâu sắc để trở thành hành động; nhận thức của đội ngũ cán bộ KH&CN, kể cả lãnh đạo các tổ chức KH&CN công lập về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cịn hạn chế.
+ Cơ chế và chính sách tài chính hiện hành trong hoạt động KH&CN cịn nhiều bất cập, chưa phù hợp với đặc thù của hoạt động KH&CN, làm giảm năng lực sáng tạo, gây khó khăn và buộc các nhà khoa học phải tìm cách đối phó trong thủ tục thanh quyết tốn thực hiện nhiệm vụ.
+ Cơ chế và chính sách cán bộ trong hoạt động KH&CN cịn lạc hậu và nhiều bất cập, làm suy giảm khả năng khuyến khích, động viên, phát huy sức sáng tạo của đội ngũ làm khoa học.
+ Cơ chế phối hợp giữa các thành tố trong hệ thống chính trị, giữa các Bộ, ngành, lĩnh vực và các ngành, các cấp chưa thông suốt, chưa đồng bộ, cản trở việc đưa các đường lối, chủ trương của Đảng về KH&CN đi vào cuộc sống.