Bên cạnh những thành tựu đã đạt được trong công tác bảo vệ quyền học tập cho mọi công dân ở Việt Nam trong những năm qua thì bên cạnh đó song song với những thành tựu đạt được chúng ta nhận thấy vẫn còn tồn tại những vấn đề chưa được bảo đảm trong việc bảo đảm quyền học tập cho mọi công dân, cụ thể như:
Thứ nhất, nếu như ở các đô thị, quyền học tập của trẻ em được các gia đình phần lớn quan tâm đảm bảo tốt thì ở các vùng miền núi, các vùng sâu, vùng xa thì quyền học tập của trẻ vẫn còn bị hạn chế nhiều. Nguyên nhân chủ yếu là
mức sống của người dân còn thấp, ý thức của gia đình các bậc cha mẹ chưa cao…. vì vậy, vẫn xảy ra nhiều trẻ em không được đi học đúng độ tuổi, các trang thiết bị như sách vở, bàn ghế, trường lớp để phục vụ nhu cầu học tập thiết yếu của trẻ chưa được đảm bảo. Do đó, chất lượng giáo dục dù đã phấn đấu nhiều nhưng vẫn còn có sự yếu kém so với mặt bằng chung của cả nước.
Thứ hai, theo quy định pháp luật, quyền được học tập của trẻ em còn được thể hiện qua việc: trẻ em học bậc tiểu học trong các cơ sở giáo dục công lập không phải trả học phí. Quy định này thể hiện rõ quan điểm của Nhà nước ta luôn chăm sóc tới trẻ em, tạo điều kiện tốt nhất cho trẻ em. Tuy nhiên, trong xã hội diễn ra thực trạng, trẻ được miễn học phí nhưng lại phải đóng quá nhiều khoản tiền khác khiến một số gia đình gặp khó khăn trong việc đảm bảo quyền được học tập cho trẻ em.
Thứ ba, là quyền học tập của trẻ em nhiễm HIV còn chưa được đảm bảo: Các em bị nhiễm HIV đang rơi vào tình trạng kỳ thị và phân biệt đối xử gây trở ngại cho việc học tập của trẻ em nhiễm HIV rất nổi cộm ở các nhà trường, song chủ yếu là do người lớn chứ trẻ em thì rất vô tư. Chỉ có rất ít trường học ở Việt Nam hiện nay chấp nhận dạy dỗ trẻ em nhiễm HIV hòa nhập với trẻ em bình thường, còn đại đa số là không chấp nhận.
Thứ tư, sự bất bình đẳng trong tiếp cận giáo dục với chính sách hộ khẩu, khoảng cách về chất lượng giáo dục giữa thành thị và nông thôn, vùng sâu, vùng xa, vùng DTTS; giáo dục về nhân quyền trong các cấp học chưa được đầu tư thỏa đáng. Chi phí giáo dục khá cao so với thu nhập của người dân đặc biệt là khu vực thành thị. Trẻ em DTTS còn gặp rào cản về ngôn ngữ khi bắt đầu tới trường. Một bộ phận trẻ em nghèo, trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt chưa được tiếp cận với giáo dục.
Thứ năm, đối với trẻ em khuyết tật, nhiều trẻ em khuyết tật không tiếp cận được các chương trình giáo dục vì thiếu các cơ sở giáo dục hòa nhập cho người
khuyết tật. Chưa có không gian, môi trường để trẻ em khuyết tật được học tập, sáng tạo theo cách của các em.
Thứ sáu, nguồn lực đầu tư cho giáo dục có hạn, chưa đáp ứng được yêu cầu bảo đảm chất lượng giáo dục trong quá trình xây dựng, phát triển đất nước, hội nhập quốc tế. Việc giáo dục tư tưởng, đạo đức, lối sống cho học sinh chưa được chú ý đúng mức cả về nội dung và phương pháp. Giáo dục phổ thông mới quan tâm nhiều đến “dạy chữ”, chưa quan tâm đúng mức đến kỹ năng sống, đến “dạy người” và “dạy nghề” cho học sinh; việc thi cử còn nặng về điểm số dẫn đến gây áp lực cho học sinh…