Một là, nhận thức của nhân dân về công tác DS còn hạn chế. Vì vậy, tỷ lệ tăng DS tự nhiên, tỷ lệ sinh con thứ 3 trở lên vẫn còn cao so với mặt bằng chung, đặc biệt là tại các xã miền núi; Quy mô mặt bằng chung, từ 1- 2 con, đại đa số chấp nhận, tư tưởng đông con và mong có con trai còn tồn tại trong một bộ phận nhân dân, cán bộ, đảng viên tạo ra lực cản, tạo sinh con thứ 3, dẫn đến tình trạng mất cân bằng giới tính khi sinh.
Hai là, các cấp chính quyền, nhất là cơ sở hướng dẫn thực hiện chính sách pháp luật quy định về DS hiện nay chưa theo kịp với sự phát triển của xã hội. Pháp lệnh DS được Ủy ban Thường vụ Quốc hội khoá XI có nhiều điểm bất cập. Nhiều quy định của Pháp lệnh còn nặng tính nguyên tắc, chung chung, thiếu cụ thể, không có chế tài xử lý và tính khả thi còn hạn chế, nên khó áp dụng được trong thực tiễn.
Ba là, việc đầu tư kinh phí cho chương trình DS -KHHGĐ ngày càng giảm, đặc biệt giai đoạn 2016- 2020 không còn kinh phí từ Chương trình mục tiêu quốc gia DS- KHHGĐ… ảnh hưởng lớn đén nhiều hoạt động, nhiều chỉ tiêu.
Bốn là, các chương trình lồng ghép với công tác DS còn nhiều bất cập, kém hiệu quả, tổ chức thực hiện thiếu đồng bộ giữa các yêu cầu về công tác DS ở các mặt KT-XH khác như công tác giảm nghèo, sinh kế chưa gắn với
thực hiện tốt chính sách DS-SKSS; khám sức khỏe tiền hôn nhân và cho người cao tuổi chưa gắn với quản lý đối tượng, các quy hoạch về dịch y tế chưa gắn với dự báo DS. Điều này làm cho các chính sách trở nên thiếu đồng bộ, thiếu chính xác về mức độ hiệu quả, ảnh hưởng đến phát triển KT-XH của địa phương.
Năm là, các qui định về chức năng QLNN về công tác DS chồng chéo. Trung tâm DS-KHHGĐ cấp huyện sát nhập thành Phòng DS trong Trung tâm Y tế cấp huyện nên chức năng, nhiệm vụ chưa ngang tầm, đội ngũ cán bộ, công chức hạn chế. Sự phối hợp giữa Trung tâm Y tế với Chi cục DS-KHHGĐ sở Y tế thiếu chặt chẽ. Theo quy định Trung tâm sự nghiệp không có chức năng QLNN nhưng trong thực tiễn lại là cơ quan chủ yếu tham mưu và tổ chức thực hiện tất cả các nội dung QLNN về DS ở cấp huyện. Trung tâm Y tế trực thuộc Sở Y tế nên công tác DS trên địa bàn Huyện không gắn với sự chỉ đạo trực tiếp của cấp ủy Đảng, chính quyền cùng cấp.