Theo Singh (2006), dưới điều kiện mặn cao, hầu hết các cây trồng có những
thay đổi về mặt sinh lý và sinh hoá như tăng vận chuyển Na+ tới chồi, tích lũy
natri nhiều hơn trong các lá già, tăng hấp thu ion Cl-, giảm hấp thu ion K+, giảm
khối lượng tươi và khô của chồi và rễ, giảm hấp thu photpho và kẽm, thay đổi enzyme, tăng cường sự hoà tan các hợp chất hữu cơ không độc hại và tăng mức polyamine. Theo Amirjani & Monhammad (2010), mặn ảnh hưởng đến cả sự phát triển lá và tình trạng nước của cây lúa. Tác dụng thẩm thấu do độ mặn của đất có thể gây ra rối loạn cân bằng nước trong quá trình sinh trưởng, đồng thời hạn chế sự sinh trưởng, kích thích sự đóng khí khổng và làm giảm quá trình quang hợp. Cây phản ứng bằng cách điều chỉnh thẩm thấu, thường bằng cách
tăng nồng độ Na+ và Cl- trong các mô của chúng, mặc dù sự tích lũy các ion vô cơ như vậy có thể gây độc, làm tổn thương tế bào cũng như làm ảnh hưởng cả quá trình quang hợp và hô hấp. Sự điều chỉnh phần nào áp suất thẩm thấu này không đủ để tránh tình trạng thiếu nước trong cây, do đó có sự sụt giảm hàm lượng nước trong rễ sau thời kỳ khủng hoảng mặn. Mặt khác, các sắc tố quang hợp, đường và protein trong các tế bào lá lúa cũng bị giảm bởi ảnh hưởng của độ mặn (Amir ani & Monhammad, 2010). Ngoài ra, theo Khan (2003) sự giảm hàm lượng diệp lục diễn ra cùng với sự gia tăng của nồng độ NaCl . Sự giảm hàm lượng diệp lục trong cây chịu mặn có thể do sự gia tăng các enzyme có chức năng làm suy giảm diệp lục (Reddy & Vora, 1986). Sự tích lũy ion trong lá cũng có tác động tiêu cực đối với hàm lượng diệp lục. Giảm hàm lượng các carotenoid dưới ảnh hưởng mặn dẫn đến sự suy thoái β-carotene và sự hình thành các zeaxanthin, các hợp chất có liên quan đến việc bảo vệ cây khỏi sự ức chế quang hợp (Sharma & Hall, 1991). Một khi độ mặn ảnh hưởng tiêu cực đến quá trình quang hợp của cây lúa, sự sản xuất các sản phẩm quang hợp cũng bị hạn chế. Hàm lượng đường trong lá mạ sụt giảm trong điều kiện mặn (Kerepesi
& cs., 1998). Bên cạnh đó, sự tăng nồng độ ion Na+ và sự giảm nồng độ ion K+
cũng làm rối loạn sự cân bằng ion trong tế bào của cây (Amir ani & Monhammad, 2010).