DVBL còn khá mới nên việc áp dụng chưa thực sự hiệu quả. Bên cạnh đó do việc chưa xây dựng đồng bộ các luật, nghị định, thông tư, quy chế trong bảo lãnh nên DVBL của NHTM Việt Nam còn rất nhiều hạn chế.
Các bên tham gia quan hệ bảo lãnh thường phải ký nhiều hơn một hợp đồng để đảm bảo thực hiện nghiã vụ dân sự. Do đó khiến cho các bên tốn nhiều thời gian và công sức.
DVBL của NHTM Việt Nam còn gặp rất nhiều rủi ro. Sau khi ngân hàng đã tiến hành bảo lãnh tức là đã chấp nhận đơn xin bảo lãnh của nguời xin bảo lãnh và có trách nhiệm thực thi nghiệp vụ bảo lãnh nếu người vay không trả được nợ. Do đội ngũ cán bộ ngân hàng còn thiếu kinh nghiệm, thiếu thông tin, khả năng điều hành còn hạn chế… nên chưa kiểm tra, đánh giá chính xác đối tượng mà mình bảo lãnh. Điều đó dẫn đến rủi ro tín dụng trong hoạt động kinh doanh của ngân hàng. Khi khách hàng làm ăn thua lỗ, lâm vào tình trạng phá sản, không có khả năng trả nợ thì ngân hàng phải thực hiện nghĩa vụ trả thay của mình, nhiều khi dẫn đến tình trạng thiếu tiền chi trả cho khách hàng của ngân hàng, gây mất lòng tin ở khách hàng…
DVBL của NHTM Việt nam chưa đáp ứng được một số nhu cầu của khách hàng. Khả năng nắm bắt diễn biến thông tin thị trường còn chậm.
Các tranh chấp, khởi kiện về biện pháp bảo lãnh ngày càng gia tăng, mâu thuẫn giữa các văn bản áp dụng gây khó khăn cho hoạt động của ngân hàng.
Một số thuận lợi và khó khăn đối với hoạt động bảo lãnh vay vốn nước ngoài của NHTM Việt Nam. Những thuận lợi đó là: Chính sách đối ngoại của Đảng và Chính phủ ta trong những năm qua đã góp phần quan trọng vào sự nghiệp đổi mới và những thành tựu kinh tế của đất nước đồng thời ngày càng gắn bó Việt Nam với cộng đồng quốc tế. Chúng ta ngày càng tin tưởng vào đường lối đa dạng hoá, đa phương hoá các mối quan hệ kinh tế, chính trị với thế giới bên ngoài với chủ trương “Việt Nam muốn
làm bạn với tất cả các nước vì hoà bình, ổn định, hợp tác và phát triển”. Do đó các doanh nghiệp, ngân hàng của Việt Nam có điều kiện tiếp xúc, hợp tác với các doanh nghiệp, ngân hàng trong khu vực và trên thế giới. Tuy nhiên, đất nước ta đã trải qua nhiều năm chiến tranh bị tàn phá nặng nề, cơ sở vật chất kỹ thuật hạ tầng chủ yếu là sản xuất nhỏ, công nghiệp chưa phát triển. Vì vậy, hầu hết vốn vay đều tập trung vào xây dựng cơ sở hạ tầng nên thời gian thu hồi vốn chậm. Hơn nữa mặc dù tình hình vay và trả nợ nước ngoài đã được cải thiện song tổng số dư nợ nước ngoài là một con số rất lớn. Tình hình này làm cho các tổ chức nước ngoài rất dè dặt khi quyết định cho nước ta vay, làm hạn chế khả năng thu hút vốn nước ngoài. Bên cạnh đó, các văn bản pháp lý chưa rõ ràng đầy đủ, đặc biệt Chính phủ chưa ban hành nghị định bảo đảm tiền vay làm cơ sở cho việc quản lý vay và trả nợ nước ngoài.