Một số quần thể nhỏ và biệt lập vẫn tồn tại, mặc dù sự phát triển của chúng vẫn chưa được biết đến. Các quần thể nhỏ, biệt lập có mối đe dọa cao hơn về các tác động di truyền và nhân khẩu học. Tùy thuộc vào quy mô quần thể và tình hình, những tác động này có thể được tóm tắt như sau (xem Shaffer 1987, Frankham và cộng sự 2017):
• Tính ngẫu nhiên theo nhân khẩu học, tức là biến động cơ hội trong tỷ lệ sinh và tử và tỷ lệ giới tính, có thể làm ổn định quần thể và làm suy giảm khi số lượng nhỏ;
• Biến động môi trường hàng năm (trong phạm vi bình thường là năm 'tốt' và 'xấu' đối với loài) gây ra biến động tương ứng về tỷ lệ sinh và tử, mặc dù không ảnh hưởng nhiều đến các quần thể lớn, nhưng có thể làm mất ổn định và gây ra sự suy giảm trong những quần thể nhỏ; • Thảm họa, ví dụ những ca tử vong hoặc sinh sản hiếm gặp, bất ngờ và nghiêm trọng, do thảm họa tự nhiên hoặc bệnh tật, gây nguy cơ cao hơn cho các quần thể nhỏ hơn với sự phân bố hạn chế;
• Sự ngẫu nhiên di truyền có thể dẫn đến sụt giảm về sự cân bằng của quần thể (giảm tỷ lệ sinh và tăng tỷ lệ tử vong) thông qua các cơ chế như cận huyết và mất cơ hội do đa dạng gen (biến động di truyền).
Những vấn đề này có thể đang ảnh hưởng đến cầy vằn tại một số địa điểm. Điều này nên được giải quyết ở cấp độ địa phương hoặc khu vực khi các địa điểm / khu vực ưu tiên đã được xác định. Theo dõi phản hồi của các quần thể nhỏ trong việc bảo vệ chống săn bắn sẽ giúp hiểu rõ các ngưỡng khả năng sống của quần thể và xác định trong trường hợp nào, nếu có, việc bổ sung hoặc củng cố quần thể có thể sẽ được yêu cầu. Không giống như một số loài đặc thù ở Đông Dương (ví dụ Sao la), số lượng hoang dã của cầy vằn vẫn đủ lớn để không cần phải bảo tồn bất kỳ quần thể nhỏ nào, mặc dù điều đó có thể hợp lý trong từng trường hợp cụ thể .
Dịch bệnh có thể gây nguy cơ tuyệt chủng cho các quần thể hoang dã nhỏ, biệt lập. Có một số bệnh có trong các loài động vật hoang dã khác đe dọa tới sức khỏe của cầy vằn (ví dụ cúm gia cầm: Clark, 2012) và ở động vật nuôi trong nhà như chó và có thể xuất hiện trong môi trường sống của cầy vằn. Chưa có nghiên cứu về số lượng mối đe dọa đối với quần thể cầy vằn hoang dã đến từ các tác nhân gây bệnh nhưng nó được cho là thấp hơn nhiều so với việc săn bắn. Hơn nữa, sự phân chia và biệt lập của quần thể cầy vằn sẽ giúp ngăn chặn rủi ro bệnh tật ở một mức độ nào đó và ngăn chặn sự lây lan của các dịch bệnh.
Hoán chuyển vị trí cầy vằn hoang dã từ khu vực này sang khu vực khác, hoặc chuyển từ nơi nuôi nhốt, sẽ tiềm ẩn nguy cơ đưa mầm bệnh vào quần thể hoang dã. Bất kỳ thay đổi nào nhằm mục đích bảo tồn cũng nên được hướng dẫn và phân tích trước rủi ro bệnh tật trong quá trình đó. Điều này được giải quyết trong phần quản lý ngoại vi.
Mặc dù có thiếu hụt kiến thức liên quan đến sự phân bố, tình trạng và hệ sinh thái của loài, nhưng cũng đủ để xây dựng một kế hoạch hành động mười năm nhằm giảm thiểu các mối đe dọa tại các khu vực ưu tiên. Các cuộc khảo sát cũng sẽ được tiến hành để xác định quần thể nguồn tốt và các địa điểm tái thả tốt.