Tổ chức bộ máy và cơ chế quản lý có tác động rất lớn đến quá trình quản lý chi ngân sách nhà nước cấp huyện, nó tác động trực tiếp đến quá trình này từ khâu hoạch định cơ chế chính sách để quản lý chi ngân sách nhà nước; lập và xây dựng dự toán; thẩm định và phê duyệt dự toán; quyết toán chi ngân sách nhà nước.
Tại cấp huyện, bộ máy quản lý nhà nước về chi ngân sách ngân sách nhà nước, gồm: Hội đồng nhân dân cấp huyện, Uỷ ban nhân dân huyện, phòng Tài chính kế hoạch, Kho bạc Nhà nước huyện. Cụ thể như sau:
- Hội đồng nhân dân cấp huyện thực hiện quyết định dự toán, quyết định phân bổ dự toán ngân sách cấp huyện, phê chuẩn quyết toán ngân sách cấp quận, quyết định các chủ trương, biện pháp để thực hiện ngân sách huyện, quyết định điều chỉnh bố sung ngân sách cấp huyện trong các trường hợp cần thiết, giám sát việc thực hiện ngân sách đã được Hội đồng nhân dân huyện quyết định.
- UBND huyện tổ chức quản lý thống nhất ngân sách huyện và các hoạt động tài chính khác của huyện, gồm: lập dự toán ngân sách cấp huyện, phương án phân bổ ngân sách cấp huyện, quản lý thu, chi ngân sách huyện, và quyết toán ngân sách huyện.
- Phòng Tài chính kế hoạch là cơ quan tham mưu giúp Uỷ ban nhân dân huyện trong việc tổng hợp dự toán ngân sách huyện và phương án phân bổ dự toán ngân sách huyện, quản lý thu, chi ngân sách huyện và quyết toán ngân sách huyện.
- Kho bạc nhà nước huyện là cơ quan kiểm soát chi ngân sách nhà nước theo quy định Luật Ngân sách nhà nước.
- Chủ đầu tư là người được giao trách nhiệm trực tiếp quản lý và sử dụng ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của pháp luật. Chủ đầu tư là cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp.
Hình 1.1: Sơ đồ tổ chức bộ máy quản lý chi ngân sách nhà nước cấp huyện