Thanh toán bằng chuyển khoản ngân hàng hiện tại chỉ áp dụng cho mỗi lượt thanh toán với tổng tiền hàng từ 20 triệu đồng trở lên (chưa bao gồm phí vận chuyển và các chi phí phát sinh khác) và một số sản phẩm nhất định được Shopee chỉ định lựa chọn. Ngoài ra hình thức thanh toán này còn hạn chế số lần tải lên biên lai thanh toán, cụ thể mỗi đơn
hàng chỉ có tối đa 2 lần tải lên biên lai, nếu cả 2 lần biên lai đều không hợp lệ thì đơn hàng sẽ tự động hủy. Việc này sẽ làm khó khăn cho khách hàng khi tải biên lai quá 2 lần.
Khi thanh toán bằng thẻ qua Shopee pay sẽ có một số hạn chế như:
+ Số tiền trong thẻ không đủ để thanh toán cho toàn bộ giá trị đơn hàng. Cần lưu ý một số ngân hàng yêu cầu để lại số dư tối thiểu. Ví dụ ngân hàng yêu cầu để lại số dư tối thiểu là 100.000đ thì lúc này thẻ của khách hàng có 300.000 và muốn thanh toán cho đơn hàng 250.000đ sẽ không thể thanh toán được.
+ Giá trị đơn hàng vượt hạn mức thanh toán của ngân hàng. Các ngân hàng thường quy định số tiền thanh toán online tối đa trong ngày để hạn chế rủi ro cho khách hàng. Ví dụ ngân hàng chỉ cho phép thanh toán online tối đa 10 triệu. Lúc này các đơn hàng 11 triệu khách hàng sẽ không thể thanh toán được.
+ Tính phí nếu quá số tiền quy định được rút trong vòng 1 tháng, Shopee pay miễn phí nạp tiền vào ví nhưng tính phí nếu người dùng rút tiền từ ví về tài khoản ngân hàng của mình. Nguy cơ thanh toán thất bại nếu điện thoại chẳng may bị sập nguồn hay hết pin đúng lúc. + Khi thanh toán online trên Shopee Pay mặc dù tài khoản đã trừ tiền nhưng đơn hàng vẫn chưa chuyển qua mục Đã thanh toán và xuất hiện thông báo “Giao dịch đang chờ xử lý trên ShopeePay”, trường hợp này đơn hàng chưa được thanh toán thành công, gây chậm trễ cho người mua.
+ Shopeepay bị lỗi hệ thống hoặc đang trong thời gian bảo trì sẽ không thể chuyển tiền về được. Ngoài ra mọi giao dịch thanh toán, chuyển tiền,… đều cũng sẽ không thực hiện được.
Khi thanh toán bằng thẻ ngân hàng thì đồng nghĩa với việc chấp nhận trả trước cho người bán sau đó nhận hàng sau. Mặc dù Shopee là một đơn vị uy tín nhưng với cách thức này thì người bán đang nắm đằng chuôi. Trường hợp người bán chậm trễ trong việc giao
hàng hoặc giao hàng không đúng ý người mua, lúc này việc hủy đơn hàng sẽ mất thời gian hơn so với hình thức COD – Ship cod trả tiền mặt.
Thanh toán bằng thẻ Tín dụng/Ghi nợ chỉ áp dụng đối với 4 loại thẻ là Visa, JCB, Mastercard, American Express (Amex). Riêng loại thẻ Amex sẽ không thanh toán được cho các đơn hàng mua vận chuyển từ nước ngoài. Hình thức thanh toán này có hệ thống chức năng giới hạn: Sẽ không thanh toán được khi thẻ đã đạt tới những giới hạn quy định của Shopee hay sản phẩm khách hàng mua không được thiết lập phương thức thanh toán thẻ tín dụng/ ghi nợ.
Khi thanh toán bằng phương thức trả góp bằng thẻ tín dụng: Khách hàng không thể chia nhỏ số tiền tham gia trả góp. Các đơn hàng trả góp sẽ được Shopee chuyển tự động qua ngân hàng với 100% giá trị đơn hàng với kỳ hạn trả góp khách hàng đã đăng ký. Mọi yêu cầu bổ sung đăng ký trả góp sau khi đã tiến hành thanh toán cho sản phẩm trên Shopee sẽ không được hỗ trợ.
Shopee hạn chế việc truy cập thông tin cá nhân của khách hàng. Tuy nhiên theo từng thời điểm Shopee cần phải cung cấp thông tin cá nhân của khách hàng cho bên thứ ba nhất định theo nhu cầu công việc hoặc mục đích pháp lý. Shopee cố gắng đảm bảo rằng các bên thứ ba và các chi nhánh của Shopee giữ an toàn cho dữ liệu cá nhân của khách hàng khỏi bị truy cập, thu thập, sử dụng, tiết lộ, xử lý trái phép. Tuy nhiên Shopee không thể kiểm soát hết được và vẫn tồn tại trường hợp bên thứ ba tiết lộ/ bán thông tin của khách hàng.
Hiện nay, nhiều công nghệ hiện đại như cookies, phần mềm gián điệp, định vị toàn cầu, và các cơ sở dữ liệu số hóa cũng cho phép các doanh nghiệp chuyên kinh doanh trên Internet có thể dễ dàng thu thập và xử lý thông tin cá nhân phục vụ cho nhiều mục đích khác nhau. Các tổ chức quảng cáo trực tuyến, cũng luôn đẩy mạnh hoạt động thu thập, thiết lập, thậm chí kinh doanh các hồ sơ thông tin về người tiêu dùng. Theo đó, nếu Shopee không có đội ngũ công nghệ kỹ thuật cao, sẽ bị tấn công dẫn đến rủi ro lộ thông tin khách hàng,…
Shopee còn hạn chế trong việc tích hợp đa dạng phương thức thanh toán, không liên kết với các ví được nhiều người sử dụng như momo, viettelmoney, zalopay,.. đây không chỉ là bất lợi cho người mua mà còn đối với cả người bán. Bởi điều này có thể làm ảnh hưởng đến trải nghiệm và tâm lý mua sắm của khách hàng, khiến họ không còn muốn mua sản phẩm nữa. Đồng nghĩa với việc nhà kinh doanh sẽ bị sụt giảm về doanh số.