Có nhiều yếu tố có thể ảnh hưởng đến hiệu quả của việc khử trùng bằng hóa chất. Những yếu tố quan trọng nhất được chỉ ra trong Bảng 2.3. Các yếu tố này cần phải được xem xét trong quá trình đánh giá nguy cơ để lựa chọn loại khử nhiễm tốt nhất. Các yếu tố khác như độ cứng của nước pha loãng, chất vô cơ (ví dụ: muối) hoặc sự có mặt của một số chất tẩy rửa cũng có thể ảnh hưởng đến hiệu quả của một số chất khử trùng (ví dụ: hợp chất amoni bậc bốn).
Với những yếu tố kiểm soát kém khác, việc đảm bảo chất lượng của việc khử trùng bằng hóa chất thường không tốt. Khử trùng bằng hóa chất chỉ nên được sử dụng ở những nơi không thể áp dụng các phương pháp khử nhiễm tốt hơn (ví dụ: hấp tiệt trùng).
Nhiều chất khử trùng hóa học có thể gây hại cho con người và/hoặc môi trường. Cần phải lựa chọn, bảo quản, thao tác, sử dụng và xử lý cẩn thận, tuân thủ theo hướng dẫn của nhà sản xuất và các yêu cầu pháp lý/quy định của địa phương.
Khi xem xét sử dụng một chất khử trùng, các đặc tính của các thành phần hoạt tính sẽ dự đoán khả năng hoạt động của chúng. Nếu chất khử trùng được bán dưới dạng sản phẩm có thương hiệu, người dùng nên thiết lập (các) thành phần hoạt tính. Điều này đôi khi có thể khó khăn vì tên thương hiệu có thể bao gồm một loạt các sản phẩm khác
nhau, mỗi sản phẩm có các thành phần hoặc nồng độ khác nhau. Người sử dụng cần biết chính xác thứ họ đang sử dụng sẽ có hiệu quả như nào bằng việc đánh giá nguy cơ.
Các hợp chất hóa học có thể bị phân hủy theo thời gian, do đó làm giảm hiệu quả của chất khử nhiễm. Tốc độ phân hủy thường tăng nhanh khi chúng tiếp xúc với không khí hoặc khi sản phẩm bị pha loãng. Thông thường, các dung dịch natri hypoclorit pha loãng trở nên nhanh chóng kém hiệu quả và cần xử lý với các dung dịch pha loãng mới để đạt được hiệu quả mong muốn.