20 phút.
Sau khi đun làm lạnh ngay bằng cách cho ống vào khay đựng đá vụn. - B−ớc 7: Ly tâm lạnh 12000 vòng/phút trong 15 phút, loại bỏ cặn.
N−ớc nổi chứa ADN dùng làm khuôn mẫu cho phản ứng PCR. Nếu ch−a dùng ngay, n−ớc nổi đ−ợc bảo quản ở -200C.
- −u điểm: Đơn giản, không cần các máy móc và trang thiết bị phức tạp - Dễ thực hiện - Rẻ tiền.
2. Hiệu quả tách chiết ADN trực tiếp từ phân
- Không mất nhiều thời gian, toàn bộ qui trình cần khoảng 90-100 phút.
- L−ợng ADN thu đ−ợc đủ về số l−ợng (174,2 đến 385,2 ng/ul đối với 5 loại E. coli gây tiêu chảy) và độ tinh sạch (khi đo mật độ quang: A260/A280 = 1,8).
Tμi liệu tham khảo
tiếng việt
1. Phựng Đắc Cam, 1995. Chẩn đoỏn Escherichia coli xõm nhập và
Shigella bằng phương phỏp lai ADN khụng dựng chất đồng vị phúng xạ. Tạp chớ Vệ sinh phũng dịch Tập V số 5(25). p. 413-415.
2. Phựng Đắc Cam, 2003. Bệnh tiờu chảy. Nhà xuất bản y học. 3. Lờ Huy Chớnh, 2003. Vi sinh y học. Nhà xuất bản y học.
4. Đinh Hữu Dung, 2001. Họ vi khuẩn đường ruột. Vi sinh y học. Nhà xuất bản y học.
5. Bựi Khắc Hậu Lờ Văn Phủng Nguyễn Vũ Trung, 2004. Phỏt hiện
một số gien độc lực của Escherichia coli gõy nhiễm trựng bệnh viện bằng PCR.
Tạp chớ Nghiờn cứu y học.32. p. 87-39.
6. Phạm Thị Huấn, 1987. Nguyờn nhõn ỉa chảy cấp do vi sinh vật ở trẻ em dưới 5 tuổi ở Huyện Từ Liờm- Hà Nội. Luận ỏn phú tiến sỹ Y học- Viện Vệ
sinh dịch tể trung ương Hà Nội.
7. Đỗ thị Thu Hương, 2001. Gúp phần tỡm hiểu một số căn nguyờn vi khuẩn gõy tiờu chảy ở trẻ em dưới 5 tuổi ở Hà Nội. Luận văn Thạc sỹ Y học Trường Đại học Y Hà Nội.
8. Alf.A.Lindberg, 1998. Những tiến bộ mới trong miễn dịch dự phũng cỏc bệnh nhiễm khuẩn đường ruột. Hội thảo cỏc bệnh nhiễm khuẩn đường ruột và
đường thở- Hà Nội 18-21/3/1988. p. 60-64.
9. Thẩm Chớ Mục Phạm Trọng Năm và CS, 1994. Xỏc định căn nguyờn cỏc vụ dịch đường tiờu hoỏ từ 1980-1994 tại Nam Hà. Tạp chớ Vệ sinh phũng dịch Tập IV số 4(18). p. 81-84.
10. Hoàng Tiến Mỹ, 1997. Khảo sỏt cỏc vi khuẩn thường gõy tiờu chảy cấp mọi lứa tuổi và tớnh khỏng thuốc. Luận ỏn Tiến sỹ Y khoa - Trường Đại học Y dược Thành phố Hồ Chớ Minh.
11. Nguyễn Phỳ Quý Phựng Đắc Cam Lương Ngọc Trõm, 1991. Kỹ
thuật xột nghiệm vi sinh y học. Nhà xuất bản Văn hoỏ - Hà Nội.
12. Khuất Hữu Thanh, 2003. Cơ sở di truyền học phõn tử và kỹ thuật gien.
Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật - Hà Nội.
13. Nguyễn Thị Thu Thỏi, 2005. Xỏc định gien aap, aggR, astA của EAEC
và một số chủng E.coli khỏc bằng kỹ thuật PCR. Luận văn Thạc sỹ Y học Trường Đại học Y Hà Nội.
14. Nguyễn Thị Thụng, 2000. Nghiờn cứu cỏc đặc điểm của lỵ trực khuẩn dựa trờn ứng dụng của PCR. Luận ỏn Tiến sỹ Y học - Trường Đại học Y Hà Nội.
15. Nguyễn Thị Vinh. Tỡm hiểu R-plasmid và sự lan truyền gien khỏng
thuốc của một số chủng Shigella và E.coli phõn lập từ 1981-1989 ở Hà Nội.
TIẾNG ANH
16. Aranda, K.R., U. Fagundes-Neto, and I.C. Scaletsky, 2004.
Evaluation of multiplex PCRs for diagnosis of infection with diarrheagenic Escherichia coli and Shigella spp. J Clin Microbiol. 42(12): p. 5849-53.
17. Arisoy, M., et al., 2006. Detection of virulence factors of Escherichia
coli from children by multiplex polymerase chain reaction. Int J Clin Pract.
60(2): p. 170-3.
18. Begaud, E. and Y. Germani, 1992. Detection of enterotoxigenic
Escherichia coli in faecal specimens by acetylaminofluorene-labelled DNA probes. Res Microbiol. 143(3): p. 315-25.
19. Bellin, T., et al., 2001. Rapid detection of enterohemorrhagic
Escherichia coli by real-time PCR with fluorescent hybridization probes. J Clin Microbiol. 39(1): p. 370-4.
20. Bennett-Wood, V.R., et al., 2004. Detection of enterohaemorrhagic
Escherichia coli in patients attending hospital in Melbourne, Australia.
Pathology. 36(4): p. 345-51.
21. Bottero, M.T., et al., 2004. Development of a multiplex PCR assay for
the identification of pathogenic genes of Escherichia coli in milk and milk products. Mol Cell Probes. 18(4): p. 283-8.
22. Cerna, J.F., J.P. Nataro, and T. Estrada-Garcia, 2003. Multiplex PCR
for detection of three plasmid-borne genes of enteroaggregative Escherichia coli strains. J Clin Microbiol. 41(5): p. 2138-40.
23. Dutta, S., et al., 2001. Sensitivity and performance characteristics of a
direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India. J Med Microbiol. 50(8): p. 667-74.
24. Ewers, C., et al., 2005. Rapid detection of virulence-associated genes in
avian pathogenic Escherichia coli by multiplex polymerase chain reaction.
Avian Dis. 49(2): p. 269-73.
25. Fratamico, P.M., L.K. Bagi, and T. Pepe, 2000. A multiplex
polymerase chain reaction assay for rapid detection and identification of Escherichia coli O157:H7 in foods and bovine feces. J Food Prot. 63(8): p. 1032-7.
26. Grant, M.A., J. Hu, and K.C. Jinneman, 2006. Multiplex real-time
PCR detection of heat-labile and heat-stable toxin genes in enterotoxigenic Escherichia coli. J Food Prot. 69(2): p. 412-6.
27. Houng, H.S., O. Sethabutr, and P. Echeverria, 1997. A simple
polymerase chain reaction technique to detect and differentiate Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in human feces. Diagn Microbiol Infect Dis.
28. James, P.N., James, B.Kaper,, 1988. Diarrheagenic Escherichia coli.
Clinical Microbiology Reviews. p. 142-201.
29. Mariani-Kurkdjian, P., et al., 1997. Direct detection of verotoxin genes
in stool samples by polymerase chain reaction in hemolytic uremic syndrome patients in France. Clin Microbiol Infect. 3(1): p. 117-119.
30. Nguyen, T.V., et al., 2005. Detection and characterization of
diarrheagenic Escherichia coli from young children in Hanoi, Vietnam. J Clin Microbiol. 43(2): p. 755-60.
31. Osek, J., et al., 2000. Rapid and specific differentiation of enterotoxin-
producing Escherichia coli strains from other gram-negative enteric bacteria using multiplex PCR. Berl Munch Tierarztl Wochenschr. 113(7-8): p. 265-70.
32. Pathmanathan, S.G., et al, 2003. Simple and rapid detection of
Salmonella strains by direct PCR amplification of the hilA gene. J Med Microbiol. 52(Pt9): p. 773-6.
33. Persson, S., et al., 2007. A method for fast and simple detection of major
diarrhoeagenic Escherichia coli in the routine diagnostic laboratory. Clin Microbiol Infect. 13(5): p. 516-24.
34. QIAGEN GmbH, G., 2005. QIAamp DNA Stool Mini Kit Handbook.
35. Rahman, H., 2002. Multiplex PCR for detection of stx genes of
Escherichia coli. Indian J Med Res. 115: p. 251-4.
36. Ramotar, K., et al., 1995. Direct detection of verotoxin-producing
Escherichia coli in stool samples by PCR. J Clin Microbiol. 33(3): p. 519-24.
37. Sandria stacy.Phipps, J.J.M., Judith B. Weiss,, 1995. Multiplex PCR
Assay and simple preparation method for stool specimens detect enterotoxigenic Escherichia coli DNA during Cuorse of infection Journal of clinical microbiology. p. 1054-1059.
38. Sethabutr, O., Venkatesan. M., Murphy. G.S. et al,, 1993. Detection
of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli by amplification of the invasion plasmid antigen H DNA sequence in patient with dysentery. J.Infect. Dis.,167. p. 458-461.
39. Stacy-Phipps, S., J.J. Mecca, and J.B. Weiss, 1995. Multiplex PCR
assay and simple preparation method for stool specimens detect enterotoxigenic Escherichia coli DNA during course of infection. J Clin Microbiol. 33(5): p. 1054-9.
40. Tantawiwat, S., et al., 2005. Development of multiplex PCR for the
detection of total coliform bacteria for Escherichia coli and Clostridium perfringens in drinking water. Southeast Asian J Trop Med Public Health.
36(1): p. 162-9.
41. Van Bost, S., et al., 2003. Multiplex PCRs for identification of
necrotoxigenic Escherichia coli. J Clin Microbiol. 41(9): p. 4480-2.
42. Vora, G.J., et al., 2004. Nucleic acid amplification strategies for DNA
microarray-based pathogen detection. Appl Environ Microbiol. 70(5): p. 3047- 54.
43. Watterworth, L., et al., 2005. Multiplex PCR-DNA probe assay for the detection of pathogenic Escherichia coli. J Microbiol Methods. 60(1): p. 93- 105.
44. Wong, S.M. and B.J. Akerley, 2005. Environmental and genetic
regulation of the phosphorylcholine epitope of Haemophilus influenzae lipooligosaccharide. Mol Microbiol. 55(3): p. 724-38.
Hà Nội, ngày tháng năm 2009
Xác nhận của cơ quan quản lý Chủ nhiệm đề tài