Trước đây trong bối cảnh những năm 1990, thời điểm Nhà nước đang đề ra chính sách nền kinh tế giai đoạn chuyển đổi, việc thành lập doanh nghiệp trực thuộc các CSGDĐH đã được nhen nhóm. Cụ thể, Thủ tướng Chính phủ đã đưa ra Quyết định số 68/1998/QĐ-TTg về việc cho phép thí điểm thành lập doanh nghiệp Nhà nước trong các cơ sở đào tạo, cơ sở nghiên cứu. Theo đó, các doanh nghiệp trực thuộc trường đại học trong thời gian này đều được thành lập theo mô hình doanh nghiệp Nhà nước và không được phép tham gia sản xuất kinh doanh ở một số lĩnh vực như khai thác mỏ, phân phối điện, sản xuất và lưu thông vật liệu nổ, khách sạn, nhà hàng, xuất bản, vận tải hàng không, dịch vụ bưu chính viễn thông, tài chính tín dụng, bất động sản. Cơ chế quản lý hoạt động được quy định bởi các Bộ chủ quản của trường, chế độ quản lý tài chính tuân thủ theo quy định của Bộ Tài chính hiện thời. Tuy nhiên, sau một thời gian dài thực hiện thí điểm, mô hình doanh nghiệp
doanh nghiệp trực thuộc trường đại học công lập đã không còn phù hợp với tình hình kinh tế xã hội nữa. Cơ chế điều hành kiểu hành chính, kế hoạch hóa tập trung và đề ra các chỉ tiêu cố định cho kế hoạch sản xuất kinh doanh không đáp ứng được với sự phát triển và đòi hỏi của thị trường và các bên liên quan. Hơn nữa, các doanh nghiệp này sử dụng nhân lực, đất đai, tài sản và vốn Nhà nước giao dẫn đến xung đột về mặt pháp lý và lợi ích khi góp vốn đầu tư hoặc kinh doanh, đặc biệt là khi đầu tư và khởi nghiệp kinh doanh luôn có rủi ro (Văn Toàn, 2019).
Để giải quyết sự bế tắc trong tổ chức quản lý và hoạt động trong các doanh nghiệp trực thuộc trường đại học công lập, các Bộ chủ quản đã đưa ra quyết định chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp để phù hợp với Luật Doanh nghiệp hiện hành và thông lệ quốc tế. Việc áp dụng các mô hình công ty TNHH và công ty cổ phần cho các doanh nghiệp trực thuộc trường đại học công lập đã giúp cho doanh nghiệp chủ động hơn về quản lý, vận hành và huy động nguồn lực, góp vốn và tài sản. Hơn nữa, chuyển đổi mô hình doanh nghiệp còn giúp cho các trường đại học có vị thế hơn trong việc thiết chế quản trị doanh nghiệp thông qua cơ chế góp vốn cho doanh nghiệp.
Về chủ thể thành lập doanh nghiệp ở đây được xác định là trường đại học công lập, là chủ thể sở hữu 100% vốn nếu thành lập dưới hình thức công ty TNHH một thành viên, hoặc có thể góp vốn thành lập dưới hình thức công ty TNHH hai thành viên trở lên hoặc công ty cổ phần. Ngoài ra, các trường đại học có thể góp vốn dưới hình thức công ty hợp danh, tuy nhiên sẽ chỉ được tham gia với tư cách là thành viên góp vốn và không có quyền quản lý điều hành đối với loại hình doanh nghiệp này. Về cơ cấu tổ chức và quản lý doanh nghiệp sẽ tuân theo quy định của Luật Doanh nghiệp hiện hành, tùy thuộc vào loại hình mà doanh nghiệp lựa chọn để thành lập.