Quản lý tài chính của Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng với những cơ chế quản lý chặt chẽ từ khâu huy động vốn, sử dụng vốn và phát triển nguồn vốn của mình. Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng đuợc Chính phủ giao quyền sở hữu quản lý nghiên cứu phát triển vùng của đất nuớc, tạo mọi điều kiện thuận lợi để Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng phát triển nhanh chóng và bền vững. Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùngcũng đã tự chủ một phần tài chính và một phần từ ngân sách Nhà nuớc.
Mặc dù Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng là một ĐVSN có một hệ thống các định chế tài chính và các ĐVSN con hoạt động rất hiệu quả, hàng năm mang lại cho Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng một khoản lợi nhuận không nhỏ. Việc quản lý tài chính của Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng lại được tập trung ở bộ máy điều hành ĐVSN, do vậy tổ chức tài chính của Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng khá lớn gồm 06 bộ phận liên quan bao gồm:
+ Bộ phận tài chính
+ Bộ phận Kế toán và dịch vụ + Bộ phận đấu thầu và hợp đồng
+ Bộ phận Quản lý nguồn thông tin về kinh tế tài chính Mục tiêu của cục tài chính
+ Bảo đảm tỷ lệ hoàn vốn đầu tư đặt ra
+ Xem xét, phân tích các hoạt động của ĐVSN, đưa các khuyến nghị và yêu cầu đầu tư đúng đắn
+ Cung cấp các dịch vụ tài chính và các dịch vụ khác cho các hoạt động trong và ngoài nước của ĐVSN và các ĐVSN thành viên
Cơ chế phân phối thu nhập của Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng: Trải qua gần hơn 30 năm hình thành và phát triển, đến nay Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng đã thực sự trở thành ĐVSN về nghiên cứu thủy lợi hàng đầu Việt Nam. Đặc biệt trong cơ chế phân phối thu nhập của Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng, Ban quản trị Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng quyết định tỷ lệ lợi nhuận để lại tái đầu tư và nộp Ngân sách Nhà nước theo nguyên tắc tạo điều kiện tích lũy tối đa cho Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng.
Cơ chế kiểm tra, giám sát tài chính trong nội bộ Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng: Viện Nghiên Cứu & Phát Triển Vùng thực hiện việc giám sát hoạt động tài chính bằng hệ thống các chỉ tiêu, tiêu chí được thiết lập một cách chi tiết, đầy đủ và khoa học, điều này được thể hiện rất rõ ở các chỉ tiêu như: Đảm bảo tỷ lệ hoàn vốn đầu tư đặt ra; bảo toàn vốn và tài sản; các rủi ro trong đầu tư. Đặc biệt là việc thông qua hệ thống các chỉ tiêu, tiêu chí, công tác phân tích các hoạt động của của ĐVSN là vô cùng quan trọng và đưa ra các khuyến nghị, yêu cầu đầu tư đúng
đắn. Nhờ việc tổng hợp và phân tích thông tin chính xác, ban lãnh đạo ĐVSN điều hành chỉ đạo và quyết định những biện pháp kinh doanh kịp thời và hiệu quả.