Điều trị biến cố tắc mạch cấp tính, nếu được xác định, không có sự khác biệt trong bệnh nhân APS so với quần thể chung. Không có bằng chứng tốt từ hai nghiên cứu hồi cứu và tiến cứu rằng bệnh nhân APS với tình trạng huyết khối sẽ tái phát và có thể phải được điều trị dự phòng bằng khỏng đụng kéo dài.
Nhiều bệnh nhân APS dừng chống đụng cú biểu hiện huyết khối tái phát. Dựa trên những dữ liệu đó, xác định điều trị chống đông đường uống được chấp nhận bởi hầu hết các tác giả như là điều trị dự phòng cấp hai chuẩn ở bệnh nhân APS.
Không rõ ràng, tuy nhiên liệu dự phòng bằng chống đông kéo dài là cần thiết cho bệnh nhân APS có huyết khối lần đầu tiên sau phẫu thuật, uống thuốc tránh thai, mang thai, hoặc các tình trạng cú cỏc yếu tố nguy cơ huyết khối khác.
Nguy cơ huyết khối tái phát ở bệnh nhân APS được báo cáo là khoảng 22 đến 69%. Thông thường, huyết khối tĩnh mạch thường đến sau các huyết khối tĩnh mạch khác ở hơn 70% các trường hợp. Huyết khối động mạch đến sau các huyết khối động mạch khác là đến 90% các trường hợp. Hầu hết các bệnh nhân đòi hỏi phải được điều trị chống đông kéo dài và dung nạp tốt với warfarin vơi mục tiêu đạt INR 2-3,0. Tuy nhiên, một liệu pháp chống đông tích cực và mạch mẽ hơn nên được chỉ định cho từng bệnh nhân cụ thể phụ thuộc nguy cơ tắc mạch, tồn thương liên quan đến tắc mạch và chảy máu: bệnh nhân có tắc động mạch đặc biệt là tai biến mạch não và nhồi máu phổi đe dọa tính mạng nên được duy trì INR cao hơn 3, mục tiêu này cũng được đề ra cho bệnh nhân có huyết khối tái phát mặc dù cũng đã được điều trị chống đông trước đó. IRN thấp được đồng thuận khuyến cáo cho bệnh nhân tắc mạch không nguy hiểm.
Nguy cơ chảy máu nội sọ và tử vong ở bệnh nhân APS với tiền sử tắc mạch trước đó được điều trị chống đông đường uống với mục tiêu 3,0-4,0 là thấp. Thận trọng đặc biệt với các bệnh nhân cao tuổi và bệnh nhân có tiền sử chảy máu nặng.
Các yếu tố nguy cơ khác của tình trạng huyết khối như hút thuốc lá, tăng lipid máu, tăng huyết áp, đái thaod đường vad sử dụng estrogen nên được hạn chế đúng mức.