Bên cạnh những thành tựu đạt được thì công tác kiểm tra kiểm soát vẫn còn những tồn tại hạn chế như sau:
Thứ nhất là, về mặt thiết kế cơ chế kiểm tra kiểm soát:
Nhìn chung các quy trình được thiết kế chặt chẽ, khoa học nhưng cần có sự áp dụng công nghệ thông tin, cơ sở dữ liệu hiện đại hơn nữa để việc thực hiện các quy trình diễn ra nhanh chóng, thuận tiện, chính xác.
Mặc dù đã có những văn bản cụ thể của Agribank về kiểm tra kiểm soát nội bộ nhưng về cơ bản, vẫn chưa cụ thể hóa được phân quyền trách nhiệm của các nhân viên trong bộ phận kiểm soát nội bộ, trong khi khối lượng tại Chi nhánh rất nhiều, việc kiểm tra kiểm soát nhìn chung mất thời gian, cần có cơ chế cụ thể hơn nữa và việc áp dụng công nghệ thông tin tạo cơ sở dữ liệu quản lý thông tin thông qua các phần mềm là điều cần thiết.
Thứ hai là, về vận hành cơ chế kiểm soát nội bộ
Thời gian qua, việc vận hành cơ chế kiểm tra kiểm soát mặc dù đã được thực hiện nhưng trên thực tế, vẫn còn xảy ra nhiều lỗi sai sót.
Trong công tác tín dụng: Các sai sót tập trung đều ở các khâu, từ khâu tiếp nhận hồ sơ, thẩm định và tái thẩm định, xét duyệt cho vay đến giải ngân và thu nợ.
Các cán bộ phòng kiểm soát nội bộ đã phát hiện ra các sai sót trong hoạt động tín dụng tuy nhiên do hạn chế trong vận hành cơ chế là số cuộc kiểm tra ít,đặc biệt là cường độ kiểm tra đột xuất rất ít, nên khi phát hiện các sai sót thì các sai sót đã xảy ra rồi.
Trong công tác ngân quỹ: Lỗi xảy ra ít, thường là sơ suất nhỏ, phòng kiểm soát nội bộ đã kiểm tra rà soát và đưa ra các lỗi để hoạt động ngân quỹ chỉnh sửa, ngăn ngừa rủi ro xảy ra.
Trong công tác phát hành thẻ: Lỗi chủ yếu là thiếu chữ ký, hoàn thiện hồ sơ phát hành thẻ,và lỗi trong hạn mức thấu chi, phòng kiểm soát nội bộ đã kịp thời kiểm tra kiểm soát, đối chiếu loại thẻ với hạn mức quy định, phát hiện ra các hồ sơ khách hàng có sai sót trong hạn mức để thông báo cho khách hàng v à điều chỉnh hạn mức thấu chi của khách hàng
Trong công tác thanh toán quốc tế: Đây là nghiệp vụ không thường xuyên tại Chi nhánh, nhìn chung chấp hành tốt nghiệp vụ và quy trình.
lớn nhưng cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro cho ngân hàng. Hầu hết các nghiệp vụ đều có sai sót như thiếu chữ ký, thiếu thông tin khách hàng, vẫn tồn tại thu sai, chi sai.. ..Điều này chứng tỏ trong việc vận hành cơ chế kiểm soát nội bộ còn nhiều hạn chế trong việc chấp hành đúng đủ các thủ tục kiểm soát đưa ra, có sự nể nang giữa các phòng ban, hơn nữa, hạn chế lớn nhất của phòng kiểm soát nội bộ Chi nhánh Thanh Trì là yếu và thiếu nhân sự, nhân sự phòng kiểm soát có 4 người, tuy nhiên năng lực chuyên môn của các kiểm soát viên là tín dụng và kế toán nên với các nghiệp vụ như phát hành thẻ hay thanh toán quốc tế, với mỗi lần kiểm tra, phòng kiểm soát nội bộ huy động luôn nhân sự của bộ phận thẻ hay bộ phân thanh toán quốc tế, chính vì vậy, việc kiểm soát có tính chủ quan, các phòng bị kiểm soát có cơ hội lấp liếm những lỗi lớn, chính vì vậy Chi nhánh cần xem xét thắt chặt hơn nữa việc chấp hành các thủ tục đưa ra.