Một là; Suất đầu tư trên một đơn vị diện tích, trên hộ sản xuất còn thấp. Do cán bộ tín dụng thiếu kiến thức về sản xuất nông nghiệp nên khi tính toán dự án của khách hàng thường theo cảm tính mà không căn cứ vào các định mức kinh tế kỹ thuật trong nông nghiệp, hơn nữa do e ngại rủi ro nên đã cắt giảm suất đầu tư làm khách hàng gặp khó khăn trong thực hiện dự án sản xuất kinh doanh của mình, không mở rộng được qui mô sản xuất.
Hai là; Hiệu quả đầu tư vốn trong nông nghiệp, nông thôn chưa cao. Do lĩnh vực này thường gặp rủi ro về thiên tai, lũ lụt, dịch bệnh, đồng thời đối tượng khách hàng thường là hộ nông dân năng lực sản xuất yếu kém, trình độ tay nghề thấp, trình độ canh tác kém, trình độ quản lý kinh tế hạn chế.
Ba là; khối lượng tín dụng đầu tư cho nông nghiệp, nông dân, nông thôn chưa đáp ứng đủ nhu cầu vốn. Khối lượng tín dụng đầu tư cho nông nghiệp, nông dân, nông thôn của chi nhánh NHNo&PTNT tỉnh Nghệ An tuy đã chiếm tỷ trọng khá cao so với các khu vực kinh tế và các tổ chức tín dụng khác, nhưng chưa đáp ứng đủ nhu cầu vốn của kinh tế nông nghiệp, nông thôn: Đặc biệt là nguồn vốn trung, dài hạn còn hạn chế; suất đầu tư cho một đơn vị diện tích, cây, con hoặc cho một hộ gia đình còn thấp; Đầu tư giữa các vùng chưa cân đối, chưa tương xứng với nhu cầu và sự phát triển của sản xuất hàng hoá. Một số chi nhánh còn tập trung khối lượng vốn quá lớn vào một số đối tượng vay vốn, chưa mạnh dạn mở rộng đối tượng đầu tư, chưa coi trọng việc đầu tư cho nông nghiệp, nông dân, nông thôn; chưa gắn kết giữa
sản xuất, chế biến, tiêu thụ trong đầu tư tín dụng.
Bốn là; hình thức cho vay chưa đa dạng, chủ yếu tập trung vào một số hình thức cho vay truyền thống, cơ bản; cần phải vận dụng đa dạng các hình thức cho vay thích hợp, để tạo điều kiện thuận lợi cho khách hàng vay vốn.
Năm là; chất lượng tín dụng nếu xét từng chi nhánh thì chưa đồng đều. Xét toàn chi nhánh thì đảm bảo, nợ xấu dưới mức cho phép. Tuy nhiên, xét từng chi nhánh thì chất lượng tín dụng chưa đồng đều, ở một số chi nhánh nợ xấu còn cao, tiềm ẩn nhiều rủi ro.
Sáu là; việc xử lý tài sản thế chấp để thu hồi nợ còn gặp khó khăn, lúng túng:
Thủ tục xử lý còn phức tạp, rườm rà, chi phí phát mãi tài sản thu hồi nợ quá cao, tài sản phát mãi khó tiêu thụ.. .điều này gây ảnh hưởng đến việc mở rộng cho vay của ngân hàng.
Bảy là; nguồn vốn tăng trưởng tốt nhưng chủ yếu là ngắn hạn, nguồn vốn trung, dài hạn chiếm tỷ trọng thấp. Khả năng tự cân đối giữa nguồn vốn và nhu cầu vay của vùng thành thị và nông thôn...có sự chênh lệch lớn, do đó chưa có sự chủ động và điều kiện để thoả mãn đầy đủ, kịp thời nhu cầu vốn của nông nghiệp, nông dân, nông thôn.
Nguồn vốn từ ngân sách Nhà nước, nguồn vốn các dự án phát triển Nông thôn chuyển cho NHNo&PTNT chi nhánh tỉnh Nghệ An để cho vay nông nghiệp, nông thôn theo quy định tại Quyết định số 67/1999/QĐ-TTg, Nghị đinh 41/2010/NĐ-CP không có.