Phân bón vô cơ: là các chất hóa học bổ sung vào trong đất và cần thiết cho sự phát triển của cây trồng. Ngoài các thành phần chính như đạm, lân, kali còn có các chất hữu cơ, chất dinh dưỡng và các nguyên tố vi lượng khác. Cây trồng và các chất dinh dưỡng hấp thụ khi làm phân bón rất phức tạp, do đó một số loại phân bón vào đất không được cây trồng phát triển và đều bị hấp thụ vào môi trường nước, gây ô nhiễm nguồn nước. Việc sử dụng lượng dư thừa các chất dinh dưỡng vô cơ như muối photphat, muối amon,... trong quá trình bón phân cho cây trồng sẽ gây nên hiện tượng phú dưỡng trong nước bề mặt. Đây là hiện tượng dư thừa.
Các khoáng axit: là vấn đề siêu lớn trong môi trường nước. Ở các quặng than, khi không còn khai thác, sẽ có một khối lượng lớn các chất thải ăn sâu vào nguồn nước trong đó phải kể đến sắt FeS2. Đây là hợp chất bên trong môi trường thiếu ôxy, nhưng khi đã khai thác, tiếp xúc với không khí và có sự tham gia của vi sinh vật sẽ tham gia phản ứng:
FeS2 + H2O + 4O2 → FeSO4 + H2SO4 4Fe2+ + O2- + 4H+ → 4Fe3+ + 2H2O
Ion Fe3+ có tính axit, chỉ tồn tại ở môi trường axit rất mạnh, còn ở pH > 3 sẽ cho kết tủa Fe(OH)3 như sau:
Fe3+ + 3H2O → Fe(OH)3 + 3H+ với TFe(OH) = 102
Đó chính là nguyên nhân lớp cặn vàng ở các dòng suối bị ô nhiễm bởi các khoáng axit, nước sẽ có màu vàng. Fe(OH)3 và H2SO4 phá huỷ cân bằng sinh thái trong nước suối làm cho cá, rong tảo chết.
Bảo vệ nước thoát khỏi việc bị ô nhiễm bởi các axit là vấn đề rất khó khăn đối với môi trường. Những đá cacbonat tham gia vào phản ứng sau để có thể trung hoà axit trong nước làm giá trị pH tăng cao:
CaCO3 + H2SO4 → CaSO4 + CO2 + H2O
Nhưng với sự tăng pH, các Fe(OH)3, có mặt sẽ bao phủ các hạt đá cacbonat, tạo thành một lớp màng khó thâm nhập, làm cho quá trình bị chậm lại.
Các chất cặn lắng trong nước: quá trình xói mòn (lỡ) đất tự nhiên sẽ làm lượng cặn lắng trong nước tăng lên cao. Đây là dạng ô nhiễm chủ yếu trong các nguồn nước bề mặt. Người ta thấy rằng lượng chất rắn gây ô nhiễm nước do xói mòn tự nhiên lớn gấp 100 lần lượng chất rắn gây ô nhiễm do sinh hoạt. Nguyên nhân của hiện tượng xói mòn là các quá trình khai thác mỏ, quá trình xây dựng nông nghiệp một cách bừa bãi, không có kế hoạch, các quá trình này là nguồn gốc tạo nên các chất rắn lắng trong nước. Các chất rắn này là nguồn đặc biệt quan trọng trong việc sinh ra chất vô cơ, hữu cơ có trong sông suối, trong nước bề mặt, ở cửa sông và biển. Các chất lắng ở đáy thường ở trong điều kiện yếm khí, tham gia các quá trình khử và hình thành một số chất mới.
Hàm lượng chất hữu cơ ở bên trong cặn lắng lớn hơn chất hữu cơ trong đất, chúng có khả năng trao đổi cation với các chất trong nước. Các chất lắng và hạt huyền phù rất quan trọng, giống như nhà kho chứa cho các kim loại như Cr, Cu, Mo, Ni, Co, Mn... Các nguyên tố vết có trong nước: đó là những nguyên tố có rất ít hiện diện trong nước, chỉ nhỏ hơn vài ppm, chúng thường là các kim loại như Pb, Cd, Hg, Se... hoặc các ánh kim như Se, Sb. Một số là chất dinh dưỡng cho cơ thể sống của động thực vật.