Đã có nhiều nhà khoa học Việt Nam cũng như trên thế giới đã sử dụng MFA để ứng dụng trong lĩnh vực môi trường.
Trong nghiên cứu của Nguyễn Thị Hà và nnk (2016) đã áp dụng phương pháp phân tích dòng để đánh giá các dòng thải trong sản xuất mía đường tại công ty Mía đường Hòa Bình. Các kết quả đã chỉ ra được lượng đường thất thoát và lượng hóa một số dòng thải chính, làm cơ sở đề xuất các giải pháp sản xuất sạch hơn cho công ty.
Lương Thùy Dương (2014) đã áp dụng MFA để đánh giá phát thải khí nhà kính từ bãi rác Kiêu Kỵ, thị trấn Trâu Quỳ, huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội.
Nguyễn Việt Anh (2019) đã đánh giá mức độ ô nhiễm, kiểm soát và tái sử dụng nước thải của ngành công nghiệp sản xuất thép sử dụng phương pháp phân tích dòng MFA. Nhóm tác giả đã sử dụng các công cụ tính toán, mô hình hóa để lượng hóa các chất ô nhiễm chính trong các dòng thải, mức tiêu thụ năng lượng, đánh giá mức độ phát thải, ước tính mức tiêu thụ năng lượng, từ đó dự báo được hiệu quả của
các biện pháp kiểm soát ô nhiễm, cải thiện quy trình sản xuất, và đưa ra các cơ hội sản xuất sạch hơn.
Hasan Belevi và nnk (2006) đã ứng dụng MFA để xây dựng kế hoạch quản lý nước thải và chất thải rắn tại thành phố Kamasi, Ghana. Ở đây tác giả đã chỉ ra rằng nguồn thải chính của nitơ, phốt pho là trong nguồn thải từ hộ gia đình mà không phải các nguồn thải như: khu vực ven đô, trong ngành công nghiệp, hay nông nghiệp. Từ đó người ta đã đưa ra các biện pháp quản lý nước thải và chất thải rắn sinh hoạt phát sinh từ hộ gia đình nhằm giảm 30% lượng phát thải.
Montangero và nnk (2004) đã mô tả việc áp dụng phương pháp MFA để ước tính sơ bộ nguồn nitơ tại Việt Trì, Hà Nội, Việt Nam. Phương pháp đang tiếp tục phân tích và mô tả tác động của các biện pháp đã được lựa chọn để cải thiện vệ sinh môi trường trong quá tình phát hiện nguồn nitơ ở Việt Trì, cách ứng dụng MFA với chi phí phải chăng cho các nhà quy hoạch vệ sinh môi trường tại các nước đang phát triển, nơi các phương tiện cho thu thập dữ liệu là hạn chế. Nghiên cứu trường hợp thực tế được tiến hành ở Việt Trì - Việt Nam cho phép dự toán sơ bộ nguồn nitơ từ MFA và việc áp dụng phương pháp phân tích này giúp quản lý chất thải rắn hữu cơ cũng như cung cấp thực phẩm ở Việt Trì.
Cordell và nnk, 2011 đã ứng dụng MFA vào việc đánh giá hiệu quả sử dụng phốt pho trong các hệ thống nông nghiệp. Phốt pho là một chất dinh dưỡng thiết yếu cho nông nghiệp, nhưng đá phốt pho là một nguồn tài nguyên không thể tái tạo và trữ lượng của nó sẽ cạn kiệt trong một thời gian dài. Do đó, ngoài việc tăng hiệu quả sử dụng phốt pho trong các hệ thống nông nghiệp, phốt pho cần phải được thu hồi từ tất cả các dòng chất thải hiện tại. Cordell đã kết luật rằng dư lượng đốt chất thải rắn đại diện cho một lượng phốt pho bị đánh giá thấp và việc tập trung vào nước thải là nguồn phốt pho thu hồi duy nhất là không đủ.
Một số nghiên cứu MFA có liên quan đến chất thải xây dựng đối với các quốc gia và khu vực như Trung Quốc (Shi và nnk 2012; Huang và nnk 2013), Nhật Bản (Hashimoto và nnk, 2007, 2009), Hà Lan (Müller, 2006 ), Na Uy (Bergsdal và nnk, 2007) và Đài Loan (Hsiao và nnk, 2002); đối với các thành phố như Bắc Kinh (Hu,
D. và nnk 2010; Hu, M. và nnk, 2010); và đối với các cơ sở hạ tầng cụ thể như hệ thống giao thông đường cao tốc (Wen và Li, 2010).
Tuy nhiên, việc áp dụng mô hình MFA đòi hỏi dữ liệu chuyên sâu, đây là một khó khăn đối với các quốc gia có thu nhập trung bình và thấp.