Bắt đầu từ năm 1471, Lờ thỏnh Tụng đó ban chiếu chỉ “ Đặt Án sỏt ty ở cỏc thừa tuyờn. Hợp cả 13 thừa tuyờn đều đặt ở 3 ty: Đụ ty, Thừa ty, Hiến ty”. Khu vực Phố Hiến là miền đất cú vị trớ chiến lược, nằm ngay ngó 3 cửa Luộc nờn đó ỏn ngữ mọi con đường thủy từ cỏc cửa biển lờn Thăng Long. Vị trớ địa lý khiến khả năng gắn kết giữa vựng đất này và cỏc địa phương khỏc trờn toàn trấn Sơn Nam rất thuận lợi. Vào thế kỷ XV, Phố Hiến đó là địa bàn kinh tế khỏ phỏt triển, dõn cư đụng đỳc, trự mật. Những lợi thế đú đó đưa vựng đất này trở thành lựa chọn số một của chớnh quyền để đặt trụ sở của toàn trấn Sơn Nam [50].
Rừ ràng việc thành lập hai Dinh Thừa ty và Hiến ty, kộo theo một bộ mỏy quan lại cựng một đạo quõn đụng đảo vừa nõng vị thế của một địa phương, vừa tăng thờm nhu cầu tiờu dựng. Từ đơn vị làng sinh sống bằng nghề nụng, chài lưới và buụn bỏn nhỏ, Phố Hiến đó trở thành thị trấn cú dinh thự, quan lại, quõn lớnh và số người buụn bỏn làm ăn quanh trị sở ngày càng đụng đỳc.
Thế kỷ XVI - XVII, sự giao thương buụn bỏn giữa cỏc nước trờn biển Đụng phỏt triển mạnh mẽ. Ngoài Hoa kiều, Nhật kiều, thời kỡ này cũn chứng kiến hoạt động sụi nổi của thương lỏi đến từ cỏc nước phương Tõy như: Anh, Phỏp, Hà Lan… Theo mựa giú mậu dịch hàng năm, nhiều tầu buụn cỏc nước cập cỏc cảng ở Đàng Ngoài ngày càng nhiều. Thị trường buụn bỏn chớnh của họ là Thăng Long tuy nhiờn chớnh quyền chỳa Trịnh luụn chủ trương khụng cho phộp ngoại kiều được hoạt động tự do, đặc biệt là tại khu vực kinh đụ. Mọi thuyền bố ra vào Thăng Long đều phải chịu sự kiểm soỏt nghiờm ngặt. Trong tỡnh hỡnh đú, với vị trớ nằm ỏn ngữ mọi con đường thủy từ biển lờn Thăng Long, Phố Hiến đó trở thành một trung tõm đại diện cho chớnh quyền để kiểm soỏt tầu thuyền nước ngoài trước khi lờn Thăng Long. Mọi tầu thuyền lờn Thăng Long đều phải dừng lại để đợi cấp phộp [47].
Từ sự bắt buộc về thủ tục hành chớnh, dần dần tầu thuyền nước ngoài tập kết tại đõy ngày càng đụng đỳc. Họ biến Phố Hiến thành địa điểm trung chuyển hàng
húa trong khi chờ chuyển lờn Thăng Long tiờu thụ, đồng thời họ cũng tớch cực thu gom hàng húa của Đàng Ngoài trong khi chờ đợt giú mậu dịch tiếp theo để chuyển về nước. Quỏ trỡnh này dẫn đến hiện tượng thương lỏi nước ngoài lưu trỳ tại Phố Hiến, một bộ phận trở thành cư dõn cựng sinh cư với người Việt. Hoạt động thương mại sụi nổi đó làm thay đổi vượt bậc diện mạo đụ thị và cơ cấu dõn cư. Từ hai đơn vị phường là Phỳ Lộc và Phất Lộc vào năm 1625, Phố Hiến đó mở rộng thành 20 phường vào nửa cuối thế kỷ XVII.
Bờn cạnh hoạt động ngoại thương, Phố Hiến phỏt triển cả thủ cụng nghiệp và hoạt động nội thương. Thợ thủ cụng và thương nhõn Việt tụ họp về đõy ngày càng đụng đỳc và “hỡnh món kinh kỳ đó gúp phần quan trọng vào việc hoạch khu vực của người Việt thành 20 phường”. Dựa vào bia Tõy chựa Hiến (1709) và bia chựa Chuụng (1711) thỡ 8/20 phường đú là phường thủ cụng [32].
Năm 1700, thương điếm Hà Lan đúng cửa, đõy cũng là thời điểm đỏnh dấu chấm hết cho hoạt động của thương nhõn phương Tõy tại Phố Hiến. Nhưng Phố Hiến khụng vỡ thế mà suy tàn ngay. Nửa đầu thế kỷ XVIII, kinh tế Phố Hiến vẫn cú những bước phỏt triển quan trọng và diện mạo đụ thị vẫn tương đối sầm uất [19].
Với những đặc điểm phỏt triển kinh tế của Phố Hiến, cú thể khẳng định rằng bờn cạnh yếu tố trung tõm chớnh trị, yếu tố “thị” của đụ thị này vẫn nổi trội và lấn ỏt, chức năng kinh tế vượt trội chức năng hành chớnh, chớnh trị.