Sắc ký lớp mỏng hay cịn gọi là sắc ký phẳng (planar chromatogaphy), là kỹ thuật phân bố rắn - lỏng, trong đĩ pha động là chất lỏng được cho đi ngang qua một lớp chất hấp thu trơ (ví dụ như : silica gel hoặc oxid alumin) chất hấp thu này được tráng thành một lớp mỏng, đều, phủ lên một nền phẳng như tấm kiếng, tấm nhơm hoặc tấm plastic. Do chất hấp thu này được tráng thành một lớp mỏng nên được phương pháp này được gọi là sắc ký lớp mỏng. Trong phần tích lipid, loại bản mỏng được sử dụng là bản nhơm tráng silica gel cĩ trộn thêm chất phát huỳnh quang (Merck)
Muốn thực hiện việc sắc ký, người ta cho mẫu cần phân tích (cĩ thể chứa nhiều hợp chất khác nhau) hịa tan vào một dung mơi dễ bay hơi, dùng vi quản để chấm một ít dung dịch mẫu chất này thành một vết nhỏ gọn lên tấm lớp mỏng nĩi trên, vết chấm ở vị trí cách cạnh đáy 1 – 1,5cm. Sấy nhẹ để đuổi bay đi phần dung mơi hịa tan mẫu, như thế mẫu chất chỉ cịn là dạng bột khơ ở trên tấm lớp mỏng. Đặt tấm lớp mỏng này theo chiều thẳng đứng vào trong một bình cĩ chứa sẵn dung mơi phù hợp (chiều dày của lớp dung mơi trong bình khơng quá 1cm). Trước khi đặt bản vào bình, bình được bão hịa dung mơi để cĩ một bầu khí quyển đồng nhất bằng cách phủ bề mặt trong của bình bằng một tờ giấy lọc cĩ tẩm ướt dung mơi dùng để giải ly.
Dung mơi sẽ bị lực mao quản hút di chuyển lên cao trong tấm bảng, quá trình như thế sẽ phân chia hỗn hợp mẫu chất ban đầu thành những vết riêng biệt . Khi dung mơi lên gần hết tấm bảng (cịn cách khoảng 0,5cm), lấy bảng ra khỏi bình và sấy khơ bảng. Các vết mẫu sẽ được xác định bằng phương pháp vật lý (nhìn trực tiếp bằng mắt thường, soi tấm bảng bằng đèn phát huỳnh quang…) hoặc bằng phương pháp hĩa học (phun xịt lên tấm bảng bởi một loại dung dịch thuốc thử phù hợp). Ở đây, chúng tơi đã sử dụng phương pháp hĩa học với thuốc thử là dung dịch H2SO4 đậm đặc để xác định vết mẫu. Bản mỏng sau đĩ được lưu trữ trong bao plastic hoặc chụp hình và scan lại cho việc nghiên cứu về sau. Một hợp chất tinh khiết sau khi sắc ký lớp mỏng sẽ cho một vết, với giá trị Rf khơng đổi, trong một hệ dung mơi xác định, bởi bảng sắc ký của một lơ sản xuất nhất định. Rf được tính theo cơng thức sau :
Rf = (khoảng đường di chuyển của hợp chất)/ (khoảng đường di chuyển của dung mơi)
Giá trị Rf khơng bao giờ > 1 và thay đổi tùy theo : loại chất hấp thu dùng để tráng bảng mỏng, bảng mỏng tráng sẵn dù của cùng một hãng sản xuất cũng khác nhau từ lơ này đến lơ
kia, hoạt độ của bảng lúc sử dụng, việc tồn trữ bảng , độ dày của bảng, thành phần của dung mơi giải ly (chỉ cần thay đổi một ít cũng làm ảnh hưởng kết quả), độ bão hịa của dung mơi trong bình giải ly của 2 lần giải ly khác nhau cũng khác nhau, kỹ thuật giải ly (dung mơi đi lên hay đi xuống cũng cho kết quả khác nhau).
Dung mơi giải ly phù hợp là dung mơi cĩ thể là cho hỗn hợp các chất ban đầu tách thành nhiều vết khác nhau, các vết này sắc nét, rõ ràng và cĩ vị trí nằm trong khoảng từ 1/3 đến 2/3 chiều dài bản sắc ký (các vết chính cĩ Rf khoảng từ 0,3 đến 0,7)
Sắc ký lớp mỏng cĩ các ưu điểm sau :
− Mẫu để phân tích chỉ cần một lượng rất ít.
− Cĩ thể phân tích đồng thời mẫu và chất chuẩn đối chứng trong cùng một điều kiện phân tích.
− Việc triển khai sắc ký nhanh nên trong một thời gian ngắn cĩ thể biết kết quả mẫu cần phân tích.
− Tất cả các hợp chất trong mẫu phân tích cĩ thể được định vị trên tấm sắc ký lớp mỏng.
− Sau quá trình giải ly, dung mơi sẽ được loại bỏ khỏi tấm bảng mỏng trước khi dùng kỹ thuật vật lý hoặc hĩa học để phát hiện sự hiện diện chất nên khơng phải lo đến vấn đề hậu sắc ký như ở sắc ký lỏng cao áp (HPLC).