Vào những năm đầu của thập kỷ 70, kỹ thuật liên hợp giữa hệ thống sắc ký khí và phổ khối lượng được ra đời. Trong trường hợp này các cấu tử sau khi tách khỏi cột sắc ký sẽ lần lượt được đưa vào buồng ion hĩa của máy khối phổ. Tại đĩ chúng được phân mảnh và tách theo khối lượng nhờ một từ trường rồi đi vào bộ nhân quang để chuyển hĩa thành tín hiệu
điện ứng với mỗi peak trên sắc ký đồ mà ta sẽ nhận được một khối phổ riêng biệt và hồn chỉnh.
ii. Sơ đồ thiết bị GC/MS:
iii. So sánh giữa phương pháp sắc ký và phương pháp khối phổ thấy cĩ những đặc tính chung sau :
1. Mẫu được nghiên cứu trong trạng thái khí. 2. Cả hai phương pháp đều cĩ độ nhạy cao.
3. Tốc độ phân tích của cả hai phương pháp tương tự nhau.
4. Sự khác biệt duy nhất giữa hai phương pháp này là trong cột sắc ký luơn tồn tại một áp suất lớn hơn áp suất mơi trường, trong khi đĩ buồng ion của máy khối phổ lại hoạt động ở một chân khơng cao (khoảng 10-6mmHg). Để cĩ thể ghép nối giữa cột sắc ký và buồng ion, giữa hai thiết bị này cĩ một bộ phận dùng để táchkhí mang (thường là helium) trước khi vào buồng ion hĩa. Nhờ đĩ mà độ chân khơng của nguồn ion khơng bịảnh hưởng. Tồn bộ hệ thống GC/MS được nối với máy tính để điều khiển tự động, xử lý số liệu, lưu trữ và ghi phổ. Phổ MS ghi được sẽ được so sánh với các phổ MS chuẩn chứa trong thư viện máy tính, nhờ đĩ mà xácđịnh được các chất cĩ trong mẫu. Thư viện phổ cần phải cĩ nhiều phổ chuẩn để tăng độ chính xác cho sựdị tìm và so sánh.
iv. Những ưu điểm của phương pháp GC/MS :
1. Lượng mẫu cần phân tích nhỏ.
2. Nghiên cứu được các hợp chất khơng bền.
3. Tiến hành tốt việc tách và nhận biết đồng thời hỗn hợp nhiều cấu tử.
4. Nhược điểm của phương pháp này là khơng phân tách được các chất cĩ trọng lượng phân tử cao, cĩ nhiệt độ bay hơi cao. Vì acid béo khĩ bay hơi nên thường phải được ester hĩa để trở thành dạng methyl hoặc ethyl ester là dạng dễ bay hơi để cĩ thể phân tích bằng sắc ký khí ghép khối phổ.