I. Phân tích tình hình thực hiện tự chủ và tự chịu trách nhiệm của các tổ chức nghiên cứu và phát triển nhà nước ở Việt Nam thời gian qua
b. Tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tổ chức, liên doanh liên kết
Với Nghị định 35-HĐBT thì viện nghiên cứu có quyền thành lập các cơ sở sản xuất - kinh doanh trực thuộc và việc thành lập này phải tuân thủ các quy định trong Nghị định số 388-HĐBT ngày 20/11/1991 của Hội đồng Bộ trưởng đối với các doanh nghiệp Nhà nước
và trong các Luật Công ty, Luật Doanh nghiệp tư nhân và các văn bản hướng dẫn thi hành các luật đó với các cơ sở thuộc các thành phần kinh tế khác. Nói cách khác đó là quyền tự chủ của các viện nghiên cứu nhưng phải đăng ký trước pháp luật. Quyền này cũng được khẳng định lại một lần nữa trong Luật KH&CN.
Tiếp theo Quyết định 134-HĐBT cho phép “thiết lập và mở rộng mọi hình thức liên doanh, liên kết để ứng dụng các thành tựu KHKT vào sản xuất và đời sống giữa các cơ quan NC-PT, các cơ sở đào tạo, các cơ sở sản xuất, kinh doanh, thuộc các thành phần kinh tế...”, Nghị định 35-HĐBT cho phép liên doanh liên kết không chỉ trong lĩnh vực NC-PT mà còn trong sản xuất - kinh doanh, cả liên doanh với các cơ sở trong nước và với các cơ sở ngoài nước.
Quyền tổ chức sản xuất - kinh doanh trong viện, trường được đặt nền móng tại Quyết định 134-HĐBT nhưng chỉ định hình rõ ở Nghị định 35-HĐBT. Trước đó, năm 1990 Chính phủ đã thử nghiệm (trong một tình thế cần xử lý biên chế dôi dư) bằng việc ban hành Quyết định 268-CT cho phép các viện tổ chức các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh. Do không có kinh nghiệm tổ chức sản xuất, thiếu vốn, môi trường pháp luật chưa đầy đủ nên phần lớn các doanh nghiệp thuộc cơ quan NC-PT nhà nước hoạt động thiếu hiệu quả và gây nhiều rối loạn không đáng có. Để đối phó, Chính phủ đã ban hành Nghị định 196/HĐBT năm 1992 chấm dứt hoạt động của các cơ sở sản xuất-kinh doanh theo Quyết định 268-CT bằng quy định tổ chức lại, đăng ký theo Luật doanh nghiệp và Luật công ty hoặc giải thể.