Mỗi một khu hệ thực vật được hình thành mối tương quan của các sinh vật với các yếu tố sinh thái như khí hậu, đất đai, địa hình, địa mạo…cịn phụ thuộc vào điều kiện địa lý, địa chất xa xưa ít khi thấy được một cách trực tiếp. Chính các yếu tố này đã tạo nên sự đa dạng về thành phần lồi của từng khu vực .Vì vậy, trong khi sem xét sự đa dạng về thành phần loài, cần xem xét bản chất cấu thành nên hệ thực vật của một vùng và các yếu tố địa lý thực vật của
Trên cơ sở danh lục thực vật đã được lập tiến hành phân tích để xác định và xếp các loài vào các yếu tố địa lý.
Thang phân loại các yếu tố địa lý được áp dụng theo thang phân loại của Nguyễn Nghĩa Thìn và tham khảo P. Tomas, năm 1967, đã được áp dụng khi nghiên cứu hệ thực vật miền Bắc Việt Nam, có tham khảo phương pháp phân tích tính đa dạng yếu tố địa lý của Lê Trần Chấn, năm 1990, cho hệ thực vật Lâm Sơn, Hịa Bình.
Các lồi thực vật bậc cao được xếp vào 16 yếu tố địa lý khác nhau:
1- Yếu tố đặc hữu Hang Kia - Pà Cị: Bao gồm các lồi chỉ phân bố ở Hang Kia - Pà Cò
2- Yếu tố đặc hữu Bắc Bộ: Bao gồm các loài chỉ phân bố trong địa giới hành chính của Bắc Bộ.
3- Yếu tố đặc hữu Bắc Bộ - Trung Bộ: Bao gồm các loài chỉ phân bố trong địa giới hành chính của Bắc Bộ - Trung Bộ.
4- Yếu tố đặc hữu Việt Nam: Bao gồm các loài chỉ phân bố ở Việt Nam. 5- Yếu tố Đơng Dương: Bao gồm những lồi chỉ phân bố trên lãnh thổ 3 nước Đông Dương.
6- Yếu tố Malaixia: Bao gồm những loài phân bố ở Đông Dương và phần Malaixia lục địa.
7- Yếu tố Himalaya: Bao gồm những loài phân bố ở Ấn Độ (trừ phần Tây - Bắc), phần phía Nam của dẫy Himalaya, phần Nam Trung Hoa, Miến Điện (Mianma), Thái Lan, Lào, Cam-pu-chia và Việt Nam.
8- Yếu tố Malesia: Bao gồm những loài phân bố trên các đảo của Mailaixia, Indonexia, Philippine, bán đảo Malaixia.
9- Yếu tố châu Á nhiệt đới: Bao gồm những loài phân bố ở các nước Châu Á nhiệt đới.
10- Yếu tố nhiệt đới: Bao gồm những loài phân bố ở các vùng nhiệt đới của Châu Á, Châu phi và các đảo Đại Dương.
11- Yếu tố Tân nhiệt đới và Liên nhiệt đới: Bao gồm các loài phân bố trên toàn vành đai nhiệt đới của thế giới.
12- Yếu tố Đơng Á: Bao gồm các lồi phân bố ở Nhật Bản, Triều Tiên, phía Đơng của Trung Quốc, Bắc Việt Nam và Bắc Lào.
13- Yếu tố Châu Á: Bao gồm các loài phân bố trong toàn bộ phạm vi lãnh thổ Châu Á.
14- Yếu tố ôn đới Bắc: Bao gồm những lồi phân bố ở vùng ơn đới Bắc – Bắc Á, Châu Âu và Bắc Mỹ.
15- Yếu tố phân bố rộng: Bao gồm những loài phân bố trên phạm vi thế giới. 16- Yếu tố di cư hiện đại, nhập nội và cây trồng: Bao gồm các lồi có nguồn gốc di cư hiện đại và các loài cây trồng.
Khi xếp các loài vào 16 yếu tố địa lý nêu trên, có một số lồi do thiếu tài liệu, không xác định vùng phân bố nên không thể xếp được. Chúng tơi gộp các lồi đó vào một yếu tố nữa đó là yếu tố 17: Yếu tố không xác định.
Khi nghiên cứu một khu hệ thực vật cụ thể chúng ta thường quan tâm đến các đặc điểm riêng biệt của khu hệ đó so với các khu hệ khác, vì vậy chúng tơi đã đưa yếu tố đặc hữu ở khu BTTN Hang Kia - Pà Cị lên đầu để nhấn mạnh tính khác biệt, cái riêng của hệ thực vật này.
+ Xây dựng phổ yếu tố địa lý thực vật: Sau khi đã phân chia các loài thuộc vào từng yếu tố địa lý thực vật, chúng ta tiến hành lập phổ các yếu tố địa lý để dễ dàng so sánh và xem xét cấu trúc các yếu tố địa lý thực vật giữa các vùng với nhau.