Động vật nguyên sinh là nhóm sinh vật đơn bào, kích thước từ vài µm đến vài cm thuộc động vật bé (microfauna). Có động vật nguyên sinh tự dưỡng, dị dưỡng (lấy thức ăn hoà tan) như trùng roi, cũng có loài giống như động vật - tiêu hoá xác vi sinh vật, tảo (tiêm mao). Kiểu sống của chúng đa dạng, trong nước (trùng bánh xe - Habrotrochapusilla mimetica) hoặc hô hấp ôxy tự do như tuyến trùng (Nemada). Trong đất có rất nhiều động vật nguyên sinh, ta có thể dễ dàng gặp như: amip (Amoeba polydia), trùng chân giả vỏ cứng (Cyclopyxis kahli), tiêm trùng mao (Monas vivipara), trùng bào tử (Mnolia tetraodon), trùng đế dày (Clopidium colpada)…(Hình 3.8).
Trong đất canh tác và đất đồng cỏ vùng ôn đới tiêm mao amip (Amoeba) không nhiều (khoảng trên dưới 5 g/ m2 đất, ngược lại trong đất vùng khí hậu lạnh có khá nhiều (đến 20 g/ m2 đất). Động vật nguyên sinh không đóng vai trò lớn trong quá trình phân huỷ chất hữu cơ thông qua ăn và trung chuyển vật chất trong quá trình hình thành đất như hấp thu nitơ và nhào trộn các hợp chất chứa đạm. Động vật nguyên sinh ăn
vi khuẩn, xạ khuẩn, nấm, tảo và xác vụn hữu cơ. Nhờ cộng sinh với vi khuẩn nên chúng có thể tiêu hoá được cenlulo. Chúng cũng tham gia trực tiếp vào quá trình giải phóng nitơ qua phân huỷ thân giả của nấm. Sản phẩm cuối cùng của quá trình trao đổi nitơ là amôniắc. Hoạt động tiêu hoá của động vật nguyên sinh đồng thời cũng kích thích quá trình giải phóng phosphat.
Hình 3.8. Nguyên sinh động vật (Phan Trọng Cung, 1979) 1 - Trùng amip (Amoeba polypodia) 4 - Trùng bào tử (Mnobia tetraodon)
2 - Trùng chân giả có vỏ cứng (Cyclopyxis kahli) 5 - Trùng đế giày (Colpidium colpada)
3 - Trùng tiêm mao (Monas vivipara)