Khu BTTN Thượng Tiến được chia làm 2 phân khu: phân khu bảo vệ nghiêm ngặt và phân khu phục hồi sinh thái. Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích 1.496 ha, trong đó: Diện tích rừng giàu là 485 ha, rừng trung bình 108 ha, rừng nghèo 592 ha, rừng phục hồi 190 ha và diện tích không có rừng là 121 ha. Phân khu phục hồi sinh thái có diện tích 5.812 ha, trong đó: Đất có rừng 3.519 ha: rừng gỗ 2.950 ha (rừng non phục hồi 245 ha, rừng nghèo 890 ha, rừng trrung bình 449 ha, rừng giàu 1.366 ha), rừng nứa, vầu, giang 301 ha, rừng núi đá 31 ha và rừng trồng 237 ha; đất không có rừng (đồi núi đất) 1.133 ha; đất nông nghiệp 1.076 ha (đất ruộng nước 43 ha, đất màu 1.033 ha) và đất khác 84 ha. Như vậy, ta có thể thấy rằng diện tích có rừng tự nhiên chiếm đến 79% diện tích tự nhiên của Khu BTTN Thượng Tiến.
Kiểu rừng chính ở đây là rừng thường xanh nhiệt đới trên núi thấp với thảm thực vật khá phong phú. Rừng kết cấu 2 - 3 tầng, tầng trên gồm các loại
cây gỗ lớn như: Chò chỉ, Sến, Re, Giổi v.v., tầng dưới gồm các loài chịu bóng như: Trâm, Vàng anh v.v.v và dưới cùng là lớp cây bụi.
Trong những năm gần đây, để góp phần vào quá trình phục hồi rừng, công tác trồng rừng theo các dự án PAM – 327, chương trình 5 triệu ha rừng, dự án KFW 7 đã đưa vào trồng các loài cây như: Lát hoa, Luồng, cây sinh trưởng và phát triển tốt. Từ năm 2000 đến 2004, ban quản lý khu bảo tồn thiên nhiên đang thực hiện dự án xây dựng vườn thực vật ở Thượng Tiến với nguồn kinh phí Nhà nước.