Trong các cấu trúc protein HA thu nhận được từ CSDL PDB, chúng tôi quyết định chọn cấu trúc có mã số 1JSM (hình 3.3) để tiến hành dự đoán epitope. Cấu trúc này chỉ chứa duy nhất 1 phân tử HA với độ phân giải bằng tia X khá tốt 1,90 Å.
Hình 3.3: Cấu trúc phân tử protein HA mã số 1JSM
Cấu trúc này sau đó được đưa vào chương trình Discotope để dự đoán epitope tế bào B không liên tục. Kết quả thu được 96 trong tổng số 321 amino acid
được chương trình dựđoán là thuộc các epitope không liên tục (hình 3.4).
Kết quả này chỉ bao gồm các gốc amino acid riêng lẻ, nó không cho biết các gốc nào thuộc cùng một epitope với nhau. Thêm nữa, tính chất không liên tục cũng gây nên hạn chế trong việc ứng dụng vào việc thiết kế vaccine. Do đó để có thểđưa vào khảo sát gắn với kháng thể, chúng tôi tiến hành chọn lọc và nối các mảnh
peptide không liên tục thành đoạn peptide liên tục. Để các peptide có khả năng là các epitope không liên tục, các gốc amino acid trong kết quả Discotope phải gần nhau về mặt không gian. Từ tiêu chí trên, chúng tôi thiết kếđược 7 đoạn peptide với chiều dài của đoạn dài nhất thu được là 14 amino acid. Do đó, chúng tôi quyết định chọn chiều dài chung cho các đoạn này là 14 để thuận tiện trong việc khảo sát về
sau. Các đoạn peptide có chiều dài nhỏ hơn sẽđược thu nhận thêm các amino acid ở
2 bên trên trình tự cho đủ chiều dài đặt ra. Từ đó, các peptide được chọn nối với nhau phải thỏa mãn tiêu chí về khoảng cách gần nhau cả trong không gian và trên trình tự. Dựa vào quy ước này, chúng tôi tiến hành thiết kếin silico các peptide liên tục chứa các phân đoạn peptide không liên tục được dựđoán từ Discotope.
Hình 3.4: Kết quả dựđoán epitope tế bào B không liên tục bằng chương trình Discotope trên cấu trúc 1JSM
Kết quả chúng tôi đã chọn và tổng hợp in silicođược 07 đoạn peptide dựa vào khoảng cách về không gian và trình tựđể tiến hành khảo sát gắn. Thông tin về
Cấu trúc của các đoạn peptide này được thu nhận trực tiếp bằng cách cắt từ
cấu trúc phân tử HA ban đầu thông qua chương trình Pymol
Bảng 3.6: Các peptide được thiết kế
Peptid e Vị trí trên HA Trình tự (*) P_1 90-103 CYPENFNDYEELKH P_2 113-126 KIRIIPRSSWSNHD P_3 182-195 NDAAEQTKLYQNPT P_4 211-224 PEIATRPKVNGQSG
P_5 231-244 TILKPNDAINFESN P_6 285-298 INSSMPFHNIHPLT
P_7 300-313 GECPKYVKSGRLVL
(*) Phần in đậm là các peptide được dựđoán bởi Discotope, phần in thường là các đoạn nối giữa các peptide này