Các epitope và non-epitope dùng làm mẫu chứng dương và chứng âm được thu nhận từ CSDL IEDB-3D. Dữ liệu được chọn sao cho các epitope không trùng với bất cứ non-epitope nào trong CSDL.
Về phía các non-epitope, ngoài tiêu chí không trùng với các epitope trong CSDL, các non-epitope này còn được chọn lọc sao cho không chứa các gốc amino acid được dựđoán là epitope không liên tục tế bào B bởi chương trình Discotope.
2.2.6. Khảo sát gắn cấu trúc kháng thể với các cấu trúc peptide dự đoán, epitope và non-epitope epitope và non-epitope
Sau khi khảo sát gắn giữa cấu trúc kháng thể và peptide HA thu nhận từ cấu trúc phức hợp kháng thể - peptide HA thực nghiệm, ta thu được bộ thông số tối ưu
phục vụ quá trình khảo sát gắn giữa kháng thể và peptide HA. Các cấu trúc peptide thiết kế được cùng với các epitope và non-epitope thu nhận từ CSDL IEDB-3D sẽ được sử dụng như mẫu đối chứng dương và mẫu đối chứng âm, sẽ lần lượt được khảo sát gắn với cấu trúc kháng thểđã chọn bằng bộ thông số tối ưu thu nhận trong quá trình khảo sát. Quá trình khảo sát cũng được tiến hành tương tự như đã nêu trong mục 2.2.2.
2.2.7. Phân tích kết quả khảo sát và đề xuất các epitope tế bào B không liên tục
Để xử lý kết quả khảo sát sự gắn kết peptide – kháng thể phục vụ dự đoán epitope, chúng tôi cũng tiến hành các phân tích trên cấu trạng có năng lượng thấp nhất. Quá trình phân tích bao gồm:
(1) Khảo sát năng lượng gắn kết giữa peptide và kháng thể : năng lượng này
được tính toán từ chương trình Autodock. Năng lượng gắn kết càng thấp thì liên kết giữa peptide và kháng thể càng bền.
(2) Khảo sát các liên kết giữa các nguyên tử trong phân tử peptide và kháng thể. Peptide và kháng thể gắn với nhau bởi các liên kết sau: liên kết Hydro, liên kết Van der Waals và liên kết tĩnh điện. Trong đó, liên kết Hydro đóng vai trò quan trọng nhất nên chúng tôi tập trung khảo sát loại liên kết này. Quá trình khảo sát được thực hiện dựa trên các điều kiện về khoảng cách,
điện tích và nhóm chức của liên kết hydrogen [19] và chỉ tiến hành trên các gốc hoạt động của phân tử kháng thể [2] với các gốc trên peptide đã được dự đoán là epitope không liên tục tế bào B bởi chương trình Discotope.
Dựa vào kết quả so sánh giữa các peptide cần dự đoán với các mẫu chứng dương và mẫu chứng âm, các peptide có khả năng gắn tốt với phân tử kháng thể sẽ được đề xuất làm epitope tế bào B không liên tục.
Chương 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN