Cấu trúc kháng thể cần cho quá trình dựđoán là cấu trúc kháng thể người có khả năng gắn với epitope không liên tục của virus cúm A phân type H5N1. Tuy nhiên, trên ngân hàng dữ liệu PDB, đến thời điểm hiện tại, chúng tôi không thu nhận được cấu trúc nào thỏa điều kiện như trên. Thay vào đó, chúng tôi thu được cấu trúc kháng thể người gắn với protein HA của virus cúm A phân type H5N1 có mã số 3GBM. Do đó, tiếp theo chúng tôi cần kiểm tra phần epitope gắn với kháng thể trên có phải epitope không liên tục hay không. Dựa trên thông tin trong bài báo của D.C. Ekiert và cộng sự [2], chúng tôi nhận thấy epitope trên protein HA tương tác với phân tử kháng thể này là epitope không liên tục. Hình 3.2 cho thấy vị trí của các gốc trong epitope này tham gia vào tương tác với phân tử kháng thể.
Hình 3.2: Các gốc amino acid trên phân tử HA tham gia tương tác với phân tử
kháng thể. Màu hồng là phân tử HA1, màu xanh là phân tử HA2, các gốc amino acid tham gia vào tương tác được thể hiện bằng màu đậm hơn, màu đỏ là cac nguyên tử tham gia vào tương tác phân cực.
Bên cạnh đó, chúng tôi cũng tiến hành dự đoán epitope không liên tục cho phân tử HA trong cấu trúc trên bằng chương trình Discotope. Kết quả dựđoán của chương trình Discotope đối với các gốc amino acid trên phân tử protein HA có tham gia vào sự tương tác với phân tử kháng thểđược thể hiện trên bảng 3.5.
Bảng 3.5: Kết quả dựđoán bằng Discotope đối với các amino acid trên phân tử
protein HA có tham gia vào tương tác với phân tử kháng thể
Kháng nguyên Vị trí Kết quả từ Discotope Vị trí Kết quả từ Discotope HA1 38 - 291 E 40 - 292 E 41 - 293 E 42 - HA2 19 E 45 - 20 - 46 E 21 - 49 E 38 E 52 - 41 - 53 E 42 E 56 E
Một nửa số gốc amino acid trên được Discotope đánh giá là epitope không liên tục. Đồng thời, các gốc này nằm cạnh nhau về mặt không gian trong phân tử
Do đó, chúng tôi quyết định dùng cấu trúc kháng thể trong cấu trúc phức hợp có mã số 3GBM để tiến hành các nghiên cứu tiếp theo.
3.3. Dự đoán epitope không liên tục tế bào B bằng chương trình Discotope, từđó thiết kế các peptide cần dựđoán