Hội An ra đời vào khoảng nửa cuối thế kỷ 16, thời kỳ Việt Nam nằm dưới sự trị vì của nhà Lê. Vào năm 1527, Mạc Đăng Dung giành ngôi nhà Lê, vùng Đông Kinh thuộc quyền cai quản của nhà Mạc. Năm 1533, Nguyễn Kim nhân danh nhà Lê tập hợp binh sĩ chống lại nhà Mạc. Sau khi Nguyễn Kim chết năm, người con rể Trịnh Kiểm nắm giữ quyền hành, dòng họ Nguyễn Kim bị lấn át.
Dưới thời Pháp thuộc, Đà Nẵng là đất “nhượng địa”, còn Quảng Nam trở thành đất “bảo hộ”. Bên cạnh chính quyền Nam triều còn có chính quyền bảo hộ của thực dân Pháp cai trị, mà đứng đầu là công sứ Pháp kiêm nhiệm Chủ tịch Hội đồng tỉnh Quảng Nam, đóng tòa sứ tại Hội An cùng các cơ quan đầu não của bộ máy chính quyền bảo hộ. Trong các thời kỳ kháng chiến, thực dân Pháp rồi đến đế quốc Mỹ đều chọn Hội An làm tỉnh lỵ, đặt nhiều cơ quan đầu não chính trị, quân sự của Quảng Nam.
Đà Nẵng. Ngày 6/11/1996, Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, khóa IX, kỳ họp thứ 10, phê chuẩn việc tách Quảng Nam – Đà Nẵng thành 2 đơn vị hành chính trực thuộc Trung ương là tỉnh Quảng Nam và thành phố Đà Nẵng. Quyết định có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/1997. Hội An là thị xã trực thuộc tỉnh Quảng Nam. Hội An có nhiều khu phố cổ được xây từ thế kỷ 16 và vẫn còn tồn tại gần như nguyên vẹn đến nay. Trong các tài liệu cổ của phương Tây, Hội An được gọi Faifo. Phố cổ Hội An được công nhận là một di sản thế giới UNESCO từ năm 1999. Đây là địa điểm thu hút được rất nhiều khách Du Lịch.
Ngày 03/4/2006, Bộ trưởng Bộ Xây dựng đã ký quyết định số 602/QĐ- BXD công nhận Hội An là Đô thị loại III. Ngày 29/01/2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 10/NĐ-CP thành lập Thành phố Hội An thuộc tỉnh Quảng Nam trên cơ sở toàn bộ diện tích, dân số và các đơn vị hành chính thuộc thị xã Hội An.
Hội An hiện có 09 phường: Minh An, Sơn Phong, Cẩm Phô, Tân An, Thanh Hà, Cẩm Châu, Cẩm An, Cửa Đại, Cẩm Nam và 04 xã: Cẩm Thanh, Cẩm Kim, Cẩm Hà, Tân Hiệp (cụm đảo Cù Lao Chàm). Có nhiều cơ quan, đơn vị, trường học trực thuộc tỉnh và Trung ương đóng trụ sở tại Hội An