Đây là nhiệm vụ thường xuyên và quan trọng của VQG Bến En nhằm bảo tồn các hệ sinh thái rừng thường xanh trên núi đá vôi đặc trưng của khu
vực miền núi phía Bắc và ở Việt Nam, bảo tồn đa dạng sinh học, phát triển tài nguyên sinh vật và giữ gìn cảnh quan thiên nhiên trong VQG loài và sinh cảnh theo đúng nhiệm vụ được giao, nội dung chương trình tập trung vào các hoạt động sau:
- Tăng cường sự lãnh đạo, kiểm tra, giám sát của các ngành, các cấp trong công tác bảo vệ rừng và tăng cường công tác quản lý đối với các khu vực dân cư, đặc biệt là quản lý chặt các cơ sở kinh doanh chế biến lâm sản, cưa xăng, các vườn cây cảnh...
- Triển khai thực hiện tuần tra, truy quét các hành vi vi phạm Luật BV&PTR: Ban quản lý VQG tiếp tục phối hợp với Chính quyền địa phương các xã và các lực lượng chức năng liên quan xây dựng kế hoạch kiểm tra, truy quét các hành vi vi phạm Luật bảo vệ và phát triển rừng, ngăn chặn các hiện tượng người dân xâm lấn vào VQG để khai thác, bắt bẫy động thực vật rừng trái phép.
- Tổ chức diễn tập phòng cháy chữa cháy rừng.
- Tập huấn nâng cao năng lực, trình độ chuyên môn cho cán bộ Kiểm lâm, cán bộ, công chức cấp xã trong công tác quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học.
- Tuyên truyền cộng đồng thôn bản nâng cao nhận thức trong công tác quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học.
- Trang thiết bị và phương tiện, nhiên liệu phục vụ công tác tuần tra. Thực hiện quy chế phối hợp với các lực lượng đóng quân trên địa bàn huyện.
- Xây dựng cơ chế chính sách giao khoán bảo vệ rừng cho cộng đồng dân cư, quản lý tốt các hộ nhận khoán thực hiện nghĩa vụ, quyền lợi hợp đồng khoán.
- Xây dựng nội quy các biển báo, biển cấm tại những nơi có nhiều người dân sinh sống và đi qua.