Diện tớch: 8.432,7 ha. Chia thành hai phõn khu I và II. Đặc trưng của phõn khu phục hồi sinh thỏi là: diện tớch rừng nguyờn sinh ớt bị tỏc động chiếm phần lớn, ngoài ra cú diện tớch rừng phục hồi sau nương rẫy, diện tớch nương rẫy, lỳa nước và đất ở của hai thụn Cuụi và Cựp (30 hộ dõn).
- Phõn khu phục hồi sinh thỏi I
Diện tớch: 3.962,7 ha nằm ở phớa Tõy Bắc khu bảo tồn, tiếp giỏp với nước Cộng Hũa Dõn Chủ Nhõn Dõn Lào về phớa Tõy, phớa Đụng và Bắc tiếp giỏp với tỉnh Quảng Bỡnh, bao gồm diện tớch của 5 tiểu khu rừng (611, 612,
613, 614 và 617). Diện tớch rừng tự nhiờn chiếmtới 3.809,9 ha, khoảng 96% của toàn phõn khu. Thảm rừng đặc trưng là rừng kớn thường xanh mưa mựa nhiệt đới dưới và trờn 700 m. Cỏc loài thực vật ưu thế thuộc cỏc họ Xoan, Bồ Hũn, Trỏm, Cụm, Na,Đậu, Dẻ. Ở độ cao trờn 600 m cỏc loài cõy họ Dẻ chiếm ưu thế. Nghiờn cứu thực địa khu vực này năm 2004-2005 đó ghi nhận nhiều loài động vật hoóng dó quý hiếm như: Bũ tút, Sao la (dấu chõn, phõn và vết ăn), Sơn dương, Voọc vỏ chõn nõu, Khỉ mặt đỏ, Gấu (dấu vết), Trĩ sao, Gà lụi lam mào trắng, Hồng hoàng, Niệc Nõu. Trong tương lai cần phải quy hoạch sử dụng đất chi tiết và xõy dựng kế hoạch quản lý cho phõn khu này để đảm bảo khụng xảy ra xung đột giữa bảo tồn và phỏt triển kinh tế của cộng đồng thụn Cựp.
- Phõn khu phục hồi sinh thỏi II
Diện tớch: 4.470 ha nằm ở phớa Đụng Bắc khu bảo tồn, bao gồm diện tớch của 6 tiểu khu rừng (618, 622, 623, 628, 629 và 1/3 diện tớch của tiểu khu rừng 627). Rừng tự nhiờn với 3.733,3 ha chiếm 83,5% diện tớch toàn phõn khu.Thảm thực vật bao gồm: rừng giàu tiếp giỏp với tỉnh Quảng Bỡnh, rừng trung bỡnh và rừng non chiếm phần lớn diện tớch, cũn lại với diện tớch 658 ha rừng là đất trống cõy gỗ rải rỏc, rừng sau nương rẫy và đất trống cõy bụi, cỏ. Khảo sỏt thực địa năm 2004 đó ghi nhận nhiều loài chim và thỳ cú giỏ trị bảo tồn như: Bũ tút, Sơn dương, Vượn đen mỏ trắng, Chà vỏ chõn nõu, Thỏ vằn và nhiều loài chim trong sỏch đỏ Việt Nam và Thế giới. Cũng tương tự như phõn khu phục hồi sinh thỏi 1 cần phải cú phương ỏn quy hoạch chi tiết sử dụng đất và xõy dựng kế hoạch quản lý cho phõn khu này để đạt được mục tiờu bảo tồn và hỗ trợ phỏt triển kinh tế cho cộng đồng thụn Cuụi (12 hộ năm 2005).