Một là, các cơ quan chức năng cần phải phát triển hơn việc xác nhận và đảm
bảo độ chính xác của thông tin thông qua công cụ xác nhận danh tính bằng con dấu và chữ ký HĐ. Mặt khác, việc làm này còn giúp tránh việc làm giả HĐ từ các đơn vị bên ngoài muốn trục lợi bất hợp pháp.
Hai là, Chính phủ có thể kích thích, khuyến khích các DN sử dụng HĐĐT
bằng việc giảm nghĩa vụ thuế hoặc thưởng cho các DN chấp hành nghiêm chỉnh việc sử dụng HĐĐT,... Điều này, tác động trực tiếp đến “túi tiền” của DN, có thể là biện pháp hữu hiệu nhất thúc đẩy việc sử dụng HĐĐT của các DN đang có ý định
hoặc chưa sử dụng HĐĐT có thể nhanh chóng chuyển sang sử dụng để đồng bộ hoá dữ liệu điện tử, hoàn thành mục tiêu đề ra trước thời hạn bắt buộc sử dụng HĐĐT của cơ quan Nhà nước, Chính phủ.
Ba là, đối với các DN vừa và nhỏ hoặc siêu nhỏ, hộ kinh doanh cá thể như
khách hàng của DN thì chi phí đầu tư cho việc sử dụng HĐĐT khá là lớn nên họ không đáp ứng đủ điều kiện để sử dụng, năng lực tài chính không đủ và năng lực quản lý không cao. Chính vì vậy, CQT nên xây dựng chính sách đặc biệt và tạo điều kiện thuận lợi để triển khai đồng bộ sử dụng HĐĐT đến các DN này.
Bốn là, việc sử dụng HĐĐT sẽ có rủi ro, khó khăn, vướng mắc mà người sử
dụng HĐĐT sẽ gặp phải. CQT tại các cục Thuế, chi cục Thuế tại các địa phương, tỉnh và thành phố nên tổ chức triển khai, hướng dẫn sử dụng và cử người xuống hỗ trợ trực tiếp cho người nộp thuế triển khai HĐĐT. Công bố các phương tiện liên lạc khi cần thiết, khẩn cấp đến người nộp thuế như đường dây nóng 24/7, hotline,... để giải đáp mọi thắc mắc liên quan. Hoặc có thể tạo ra các trang web tự động nhắn tin để phản hồi các câu hỏi của khách hàng một cách nhanh nhất có thể. Hơn nữa, cơ quan quản lý Nhà nước cũng cần tiếp nhận các ý kiến đóng góp từ phía các DN, tổ chức sử dụng để chỉnh sửa, bổ sung hoàn thiện những thiếu sót trong chính sách cho phù hợp với việc triển khai sử dụng HĐĐT hiện nay.
Năm là, về hạ tầng công nghệ thông tin thì cơ quan quản lý Nhà nước cần
hoàn thiện việc nâng cấp để đảm bảo hệ thống phần mềm tốt, không bị lỗi khâu gửi mã hay tắc nghẽn do quá tải trong các kỳ báo cáo tài chính làm xảy ra tình trạng dữ liệu của HĐ không được truyền trực tiếp từ DN đến cơ quan Thuế. Điều này sẽ gây ra kẽ hở để các DN, tổ chức, cá nhân lợi dụng để lập và xuất HĐ không đúng ngày để gian lận thuế, trốn thuế.