Khó khăn nhất của đơn vị đó là hầu hết các công trình đầu mối kênh mương, hồ chứa và trạm bơm đều xa dân cư, do đó rất dễ bị hư hỏng và xảy ra mất mát. Bên cạnh đó, lưu vực các hồ chứa ở địa bàn tương đối rộng, địa hình lại dốc nên vào mùa mưa lượng nước tập trung về rất nhanh, dễ gây ra những thiệt hại lớn. Để khắc phục tình trạng này, hằng năm đơn vị luôn có kế hoạch phân công, bố trí cán bộ có kinh nghiệm, có chuyên chuyên môn thường xuyên kiểm tra, giám sát và túc trực 24/24 giờ ở các công trình trọng điểm để vận hành, đóng mở nước kịp thời mỗi khi có mưa bão, nhờ đó đã hạn chế tối đa sự cố xảy ra. Đặc biệt, để mở rộng hoạt động của công ty, hằng năm ngoài việc đảm bảo phục vụ tốt, hiệu quả các hoạt động công ích theo sự chỉ đạo của ngành Nông nghiệp và UBND tỉnh, Công ty còn thực hiện một số hoạt động kinh doanh khác như: Thi công, sửa chữa, xây dựng các công trình thủy lợi... , nhờ đó doanh thu của đơn vị ngày càng tăng lên đáng kể. Chỉ tính từ năm 2015 đến 2017 tổng doanh thu công ty đạt trên 15 tỷ đồng, riêng trong năm 2017 đạt trên 16 tỷ đồng, tăng 6% so với năm trước.
Xu thế hội nhập và toàn cầu hóa trên bình diện quốc tế và khu vực đang diễn ra ngày càng mạnh mẽ về chiều sâu trên nhiều lĩnh vực, đặc biệt trong kinh tế, làm thay đổi cơ bản bộ mặt của đất nước. Cơ chế này cũng tạo ra những điều kiện và cơ hội mới cho ngành Nông nghiệp & PTNT Việt Nam nói chung, cho sự nghiệp củng cố, phát triển công trình Nông nghiệp & PTNT Nghệ An nói riêng thực hiện những bước tiến đáng kể cả về số lượng và chất lượng.
Ngày 9/10/2009, Thủ tướng Chính phủ ký ban hành Quyết định số 1590/QĐ-TTg phê duyệt định hướng chiến lược phát triển thủy lợi Việt Nam. Trong đó quy hoạch phát triển thủy lợi đến năm 2020 và tầm nhìn đến năm 2050. Đây là một chương trình tổng thể về phát triển kinh tế - xã hội, chính trị và an ninh quốc phòng là một căn cứ pháp lý và cũng khẳng định quyết tâm của Đảng và Nhà nước ta trong sự nghiệp phát triển nông nghiệp nông thôn nói chung, trong phát triển thủy lợi nói riêng.
Ngày 04/6/2010, Thủ tướng Chính phủ đã ký ban hành Quyết định số 800/QĐ-TTg phê duyệt Chương trình mục tiêu Quốc gia về xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2010-2020. Đây là chương trình đòi hỏi đầu tư nguồn vốn rất lớn với rất nhiều dự án đầu tư để xây dựng nông thôn mới theo 19 tiêu chí của Nghị quyết số 26-NQ/TW, ngày 05/8/2008 của Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa X “về nông nghiệp, nông dân, nông thôn”. Đây là nhiệm vụ nặng nề, nhưng cũng là cơ hội to lớn cho đầu tư xây dựng Nông nghiệp & PTNT có bước phát triển mới.
Kinh tế Việt Nam, trong đó có kinh tế nông nghiệp trong những năm gần đây đã có tỷ lệ tăng trưởng khá tốt. Tình hình chính trị, xã hội ổn định, nền kinh tế phát triển theo xu hướng mở cửa và hội nhập, tạo môi trường thuận lợi cho việc đầu tư, đưa các công nghệ tiên tiến vào hoạt động xây dựng cũng như quản lý của các ngành, các đơn vị, trong đó có ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Thuỷ lợi là yếu tố đầu tiên cho sự phát triển của cây trồng trong khi đó Tỉnh Nghệ An luôn quan tâm đầu tư rất nhiều nguồn vốn, thời gian và công sức cho công tác thuỷ lợi. Công tác quản lý của các sở, ban, ngành có sự chỉ đạo phối hợp chặt chẽ, đồng thời tăng cường liên hệ với nhân dân, nhanh chóng kịp thời phản ánh những bức thiết, sự cần thiết phải đầu tư các công trình thủy lợi, tạo điều kiện thuận lợi cho công tác quản lý.
- Công tác quản lý khai thác công trình thủy lợi tại đang từng bước đi vào nền nếp, phục vụ tốt sản xuất, dân sinh. Hoạt động của các tổ chức quản lý khai thác công trình thủy lợi cơ bản đáp ứng yêu cầu phục vụ sản xuất, dân sinh. Tỉnh Nghệ An đã xây dựng thành lập BQL dịch vụ – Mô hình quản lý khai thác công trình thủy lợi theo phương thức đặt hàng nhằm nâng cao hiệu quả các công trình thủy lợi.