Thực hiện nhiệm vụ Thủy lợi trong tình hình đất nước đang đẩy mạnh công cuộc công nghiệp hóa – hiện đại hóa và trên cơ sở nền tảng của Ngành thủy lợi đã phát triển, bên cạnh những thuận lợi, còn có nhiều khó khăn như sau:
Nhìn chung các công trình thủy lợi được đầu tư từ rất sớm, từ những năm 1960 đến nay hệ thống các công trình thuỷ lợi đã từng bước được đầu tư xây dựng như các trạm bơm lớn, kênh mương, cống dưới đê, hệ thống đê điều... góp phần quan trọng trong việc cải tạo nền nông nghiệp phục vụ tưới tiêu, chống úng, chống hạn, nâng cao năng suất cây trồng. Tuy nhiên một số chỉ tiêu thiết kế đến nay không còn phù hợp với yêu cầu tưới tiêu. Hệ thống công trình thuỷ lợi bị xuống cấp, bồi lắng, lạc hậu, tuy nhiều công trình đã được đầu tư nâng cấp, nhưng nhìn chung còn chưa đồng bộ nên khả năng đáp ứng yêu cầu sản xuất còn nhiều hạn chế.
Do tác động của nhiều nguyên như biến đổi khí hậu, ảnh hưởng điều tiết của các thủy điện, hồ chứa thượng nguồn, xói lở lòng sông nên dòng chảy hạ du sông Lam bị suy thoái nghiêm trọng. Sự thiếu hụt đầu nước tại các công trình lấy nước rất nghiêm trọng và ngày càng nghiêm trọng hơn. Những nguyên nhân đã phân tích ở trên rất khó khắc phục trong thời gian ngắn nên tình trạng này có thể còn kéo dài trong nhiều năm nữa. Do biến đổi khí hậu, thiên tai, dịch bệnh diễn biến phức tạp. Hệ thống cơ sở hạ tầng sản xuất, hạ tầng xã hội tuy đã từng bước cải tạo, nâng cấp nhưng chưa đáp ứng yêu cầu, tỷ lệ cơ giới hóa chưa cao, do ảnh hưởng suy thoái của nền kinh tế nên nguồn vốn bố trí vốn đầu tư cho nông nghiệp nói chung và ngành thủy lợi nói riêng còn hạn chế. Việc phân cấp quản lý trong quản lý khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi đang là một đòi hỏi cấp thiết trong điều kiện hiện nay nhằm khai thác và phát huy một cách hiệu quả nhất của công trình bằng cách giám bớt gánh nặng cho ngân sách, tuy nhiên do công tác tuyên truyền giáo dục chưa tốt, nhận thức và giác ngộ của bộ phận người dân chưa cao, nên sự tham gia của cộng đồng, sự tham gia của người dân địa phương trong công tác quản lý còn chưa cao, chính vì vậy mà công tác quản lý khai thác các công trình thủy lợi còn gặp nhiều khó khăn.