Sau khi xâm nhập, đích tấn công của virus là các đại thực bào. Đây là tế bào duy nhất có receptor phù hợp với cấu trúc hạt virus, vì thế virus hấp thụ và thực hiện quá trình nhân lên chỉ trong tế bào này và phá huỷ nó. Một tỷ lệ lớn tế bào đại thực bào trong nang phổi bị virus xâm nhiễm rất sớm.
Hình 2.5. Virus PRRS xâm nhập và phá hủy tế bào đại thực bào Nguồn: http://voer.edu.vn/m/hoi-chung-roi-loan-sinh-san-va-ho-hap-o-lon-
prrs/a463745b)
Các nhà khoa học đã phân lập virus từ phổi, gan, lách, huyết thanh hoặc dịch cơ thể lợn con ốm và chết, nhưng không phân lập được virus từ thai chết khô. Tuy nhiên khi kiểm tra dịch xoang ngực và sữa đầu đã phát hiện ra kháng thể đặc hiệu chống virus PRRS. Dấu hiệu này chứng tỏ rằng bệnh truyền qua nhau thai là phổ biến trong giai đoạn giữa và cuối thai kỳ. Mặt khác do rối loạn hô hấp cho nên cơ thể lợn bệnh luôn trong trạng thái thiếu ôxy, gây ra rối loạn chuyển hóa của thai, thai bị suy dinh dưỡng rồi chết thai. Lợn chửa ở kỳ cuối là lúc bào thai phát triển mạnh nhất, cũng là lúc nhu cầu ôxy tăng cao hơn do đó sự
thiếu hụt ôxy càng trầm trọng dẫn đến sẩy thai hoặc chết thai. Trong thực tế các vụ dịch, lợn nái chửa kỳ cuối thường chết với tỷ lệ khá cao, khi mổ khám thấy hầu hết các bào thai đã hoại tử rất nặng, đây chính là nguyên nhân gây chết cho lợn mẹ.
Nguyễn Hữu Nam và Nguyễn Thị Lan (2007) trong nghiên cứu về PRRS cho rằng, phổi chắc đặc chính là nguyên nhân gây khó thở dẫn đến thiếu oxy tại máu và các mô bào. Do suy giảm sự trao đổi khí tại phổi làm máu của gia súc bệnh có màu sẫm, màu này có thể nhìn được từ bên ngoài tại các vùng da mỏng, các vùng da có nhiều mạch quản như vùng tai, bẹn, bụng... Vì vậy mà có triệu chứng tai xanh.
Chính do cơ chế tác động là tấn công vào hệ thống miễn dịch, gây suy giảm miễn dịch đã mở cửa cho các loại vi sinh vật gây bệnh khác xâm nhập và gây bệnh.
Tác nhân chủ yếu liên quan đến nhiễm trùng kế phát là vi khuẩn:
Haemophilus parasuis, Streptococcus suis, Salmonella cholerasuis, Pasteurella
multocida và Actinobacillus, Pneuropneumoniae...