Ô nhiễm môi trường còn làm phát sinh dịch bệnh, ảnh hưởng lớn đến hiệu quả chăn nuôi. Từ năm 1997 đến nay, dịch lở mồm, long móng trên gia súc đã hoành hành và đến nay chưa được khống chế triệt để. Từ cuối năm 2003, dịch cúm gia cầm đã bùng phát tại Việt Nam, qua 4 năm, dịch đã tái phát 5 đợt, đã phải tiêu huỷ trên 51 triệu gia cầm các loại, thiệt hại ước tính lên đến hàng ngàn tỷ đồng. Bệnh đã có nhiễm sang người, đến nay đã có 100 người mắc và đã tử vong 46 người. Từ đầu năm 2007 đến nay đã bùng phát hội chứng rối loạn hô hấp và sinh sản (bệnh tai xanh- PSSR) trên lợn đã gây thiệt hại nặng nề cho ngành chăn nuôi lợn tại nhiều địa phương. Diễn biến của bệnh khá phức tạp, khả năng gây dịch còn rất lớn. Dịch bệnh đã gây tổn thất lớn cho ngành chăn nuôi, gây mất an toàn thực phẩm và còn có nguy cơ lây nhiễm sang người nguy hiểm như bệnh cúm gia cầm,… (Cục Chăn nuôi, 2009).
Trong năm 2012, tình hình dịch bệnh có nhiều diễn biến phức tạp và căng thẳng, đáng chú ý là dịch heo tai xanh và tiêu chảy cấp trên heo con xảy ra vào giữa năm tại một số tỉnh thành trên cả nước. Cả nước có 22 tỉnh công bố phát dịch gây thiệt hại không nhỏ tới sản xuất chăn nuôi cũng như người chăn nuôi. Đợt dịch heo tai xanh xảy ra trên địa bàn tỉnh Đak Lak vừa qua đã gây thiệt hại nặng cho ngành chăn nuôi. Đã có 13 huyện, thị xã, thành phố (trừ huyện Lak và Krông Bông) với 115 xã, 707 thôn, 2.287 hộ có dịch heo tai xanh. Tổng số heo mắc bệnh 23.249 con, số chết và tiêu hủy 12.070 con (tương đương gần 413 tấn thịt hơi); tổng thiệt hại ước tính 24 tỷ đồng (2lua.vn, ngày 2/3/2013).