Nội dung kiểm tra việc thực hiện chủ trương, chính sách, pháp luật của Nhà nước về thanh tra của các cấp, các ngành tập trung vào các vấn đề:
Theo quy định của pháp luật, trong phạm chức năng của mình, các cơ quan quản lý nhà nước có trách nhiệm tự kiểm tra việc thực hiện các quyết định của mình và thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, kế hoạch nhà nước của các cơ quan nhà nước về lĩnh vực quản lý nhà nước của ngành mình được phép quản lý. Giải quyết kịp thời những khiếu nại, tố cáo về những vấn đề thuộc thẩm quyền quản lý nhà nước của mình. Do vậy, nội dung cần kiểm tra, kiểm soát ở đây là xem xét các cơ quan này đã tổ chức thực hiện việc thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền như thế nào. Có đúng nội dung, đúng đối tượng, đúng thẩm quyền không. Trình tự, thủ tục thanh tra, kiểm tra, xét, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền như thế nào. Có đúng nội dung, đúng đối tượng, đúng thẩm quyền không. Trình tự, thủ tục thanh tra, kiểm tra, xét, giải quyết khiếu nại, tố cáo ra sao. Xử lý kết quả thanh tra, kiểm tra, xét khiếu nại, tố cáo đúng các quy định của pháp luật và chính sách của Nhà nước về thanh tra và giải quyết khiếu nại, tố cáo hay không…
Ngoài việc kiểm tra, tình hình hoạt động thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo của các cơ quan quản lý nhà nước (như nói trên) cần kiểm tra trách nhiệm của cơ quan này về việc tự kiểm tra trách nhiệm giải quyết khiếu nại, tố cáo theo luật định đối với các đơn vị thuộc quyền quản lý. Thông qua đó để yêu cầu hoặc không yêu cầu tiến hành thanh tra, kiểm tra hoặc phúc tra những vụ việc thuộc phạm vi trách nhiệm của họ. Chỉ đạo giải quyết kịp thời những trường hợp thủ trưởng các cấp, các ngành chỉ đạo hoặc ra các quy định không phù hợp với chủ trương, chính sách, pháp luật của Nhà nước về thanh tra, kiểm tra và giải quyết khiếu nại, tố cáo.
- Kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật và chế độ, chính sách của Nhà nước về công tác tổ chức và cán bộ thanh tra.
Nội dung kiểm tra về vấn đề này bao gồm kiểm tra xem các cấp, các ngành có thành lập các tổ chức Thanh tra đúng theo quy định của pháp luật về thanh tra hay không, tổ chức Thanh tra nhà nước ở đơn vị đó được tổ chức độc lập hay xen ghép với tổ chức khác; cơ cấu tổ chức thế nào; chức năng nhiệm vụ được giao có đúng quy định không? Chất lượng cán bộ ra sao? Việc thực hiện chính sách, chế độ đối với cán bộ làm công tác thanh tra
như thế nào? Những đề xuất kiến nghị về công tác tổ chức và cán bộ của họ (nếu có)…
- Kiểm tra việc thực hiện các yêu cầu, kết luận, kiến nghị quyết định xử lý về thanh tra, quyết định giải quyết khiếu nại, tố cáo của các Đoàn thanh tra và các tổ chức Thanh tra nhà nước khi đơn vị được thanh tra. Xác định trách nhiệm của các đơn vị được kiểm tra về việc không thực hiện, chậm thực hiện hoặc thực hiện không đến nơi đến chốn các yêu cầu, kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra và quyết định giải quyết khiếu nại, tố cáo.