Với phƣơng châm "đơn giản hóa, hiện đại hóa, minh bạch và nhanh chóng", Hải quan Phi-lip-pin cải tổ hoạt động đối với đơn vị QLNN về Hải quan cấp cơ sở theo hƣớng:
- Áp dụng rộng rãi công nghệ thông tin và các công nghệ khác, đặc biệt tại đơn vị QLNN về Hải quan cấp cơ sở nhằm cắt giảm thời gian chờ đợi để thực hiện các chức năng trọng tâm của hệ thống, tự động hoá quy trình và hạn chế sự tác động của yếu tố con ngƣời;
- Áp dụng thủ tục thông quan đơn giản đối với hàng hoá và hành khách có độ rủi ro thấp, tập trung nguồn lực vào hàng hoá có độ rủi ro cao bằng cách chú trọng thực hiện các thủ tục thông quan sau khi giải phóng hàng hoá và các quy trình hậu kiểm;
- Chuẩn bị thông qua dự luật quy định về “Hiện đại hóa hải quan và Luật thuế quan” (CMTA) thành luật. Đây là dự luật cải cách thủ tục hải quan
ở cảng, với các biện pháp nhằm dập tắt tình hình buôn lậu và các dấu hiệu bất thƣờng của các nhân viên Hải quan tại các đơn vị QLNN về Hải quan ở Philippines, trong đó nhấn mạnh cấp quản lý thực thi công vụ trực tiếp. Theo đó, các nhân viên hải quan có hành vi sách nhiễu đối với chủ hàng hoặc ngƣời nhận hàng sẽ phải đối mặt với án phạt từ 6 năm đến 12 năm tù giam và phạt tiền từ 500.000 Peso đến 1 triệu Peso; các án phạt hình sự cao hơn (thậm chí án chung thân) và mức tiền phạt lên đến 50 triệu Peso đối với tội phạm buôn lậu và các nhân viên Hải quan đồng lõa với buôn lậu trong Chính phủ… Ngoài các hình phạt mới, Dự luật còn góp phần "hiện đại hóa hoạt động hải quan, trên tất cả các khía cạnh trong quá trình thƣơng mại, đơn giản hoá các thủ tục hành chính, và tiến hành quá trình thông quan nhập khẩu và xác định giá trị hàng hóa đƣợc thuận tiện”. Các đơn vị QLNN về Hải quan thực thi công vụ trực tiếp ở Philippines sẽ đƣợc tinh giảm bởi toàn bộ tờ khai hàng hoá đƣợc áp dụng thủ tục hải quan điện tử. Đƣợc biết, dự luật này đã đƣợc dự thảo trình lên Quốc hội từ tháng 3/2016.