Ngoài những kết quả đạt được như trên, thực trạng quyền tự do cư trú của công dân trên địa bàn thành phố Hòa Bình còn nhiều hạn chế, bất cập cần được khắc phục.
Thứ nhất, công dân còn chậm trễ đến thực việc đăng ký thường trú, tạm trú với các cơ quan chức năng. Trong khi đó luật đã quy định “Đăng ký tạm trú là việc công dân đăng ký nơi tạm trú của mình với cơ quan nhà nước có thẩm quyền và được cơ quan này làm thủ tục đăng ký tạm trú, cấp sổ tạm trú cho họ; Người đang sinh sống, làm việc, lao động, học tập tại một địa điểm thuộc xã, phường, thị trấn nhưng không thuộc trường hợp được đăng ký thường trú tại địa phương đó thì trong thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày đến
phải đăng ký tạm trú tại Công an xã, phường, thị trấn”. Thông thường, khi có cán bộ phường, xã đến kiểm tra, nhắc nhở thì mới đến cơ quan đăng ký, đặc biệt là đối tượng công nhân thuê trọ sinh sống trên địa bàn thành phố. Chính vì vậy, cơ quan quản lý cư trú khó có thể kiểm soát được số lượng người đăng ký thường trú, tạm trú trên địa bàn.
Thứ hai, hàng năm số lượng người di cư đến địa bàn thành phố Hòa Bình có xu hướng tăng. Trong số người di cư ấy, phải kể đến phần đông học sinh, sinh viên đến học tập tại các trường phổ thông, trường nội trú hoặc các trường chuyên nghiệp. Đa phần các học sinh đều ở xa, có thể cách mấy chục cây số hoặc thậm chí cả trăm cây số. Nhưng nhiều học sinh, sinh viên trên địa bàn vẫn chưa thực hiện việc đăng ký tạm trú với cơ quan địa phương khi nhập học ở tại ký túc xá của trường hoặc thuê nhà trọ ở. Mặc dù, thời gian cư trú tại địa bàn thành phố Hòa Bình là rất lâu dài. Ngoài ra, trên địa bàn thành phố Hòa Bình còn nhiều cư dân ở các địa bàn khác chuyển đến, đặc biệt là số lượng công nhân làm tại các khu công nghiệp hoặc số đông người buôn bán tại các khu du lịch. Đa phần đều là những công dân có trình độ dân trí bình thường, cũng chưa hiểu hết được các quy định của Luật cư trú cho nên việc đến đăng ký tại các cơ quan có thẩm quyền còn nhiều hạn chế.
Thứ ba, những hộ dân ở xa trung tâm thành phố như xã Yên Mông còn chưa thực hiện được việc đăng ký thường trú, tạm trú và khi đổi nơi ở mới cũng không thông báo với chính quyền địa phương. Không chỉ vậy, ở một số xã vùng xa của thành phố Hòa Bình, tỉ lệ người dân tộc thiểu số chiếm nhiều cho nên việc đi đăng ký thông tin với cơ quan Nhà nước về cư trú cũng còn nhiều hạn chế và gặp nhiều khó khăn.
Thứ tư, mỗi công dân từ khi sinh ra đến khi chết đi đều phải thực hiện nhiều thủ tục với các cơ quan Nhà nước để thực hiện quyền nhân thân của mình. Khi sinh ra, công dân phải thực hiện thủ tục đăng ký khai sinh và khi chết đi, thân nhân của người chết hoặc người có nghĩa vụ theo quy định của
pháp luật phải đi đăng ký khai tử. Các thủ tục hành chính này cần được thực hiện nhằm xác định tình trạng nhân thân của cá nhân, tạo cơ sở pháp lý để Nhà nước bảo hộ quyền, lợi ích hợp pháp của cá nhân và thực hiện quản lý dân cư, phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày chết, thân nhân của người chết; nếu người chết không có thân nhân, thì chủ nhà hoặc người có trách nhiệm của cơ quan, đơn vị, tổ chức, nơi người đó cư trú hoặc công tác trước khi chết có trách nhiệm đi khai tử. Việc khai tử của công dân cũng ảnh hưởng đến việc đăng ký thường trú, tạm trú. Người nhà hoặc người có trách nhiệm cần phải đến cơ quan có thẩm quyền khai tử và xóa tên người mất khỏi hộ tịch. Nhưng nhiều gia đình người mất không đến đăng ký khai tử với cơ quan có thẩm quyền để kịp thời xóa tên khỏi hộ tịch.