Dựa vào hệ thống tái tổ hợp của vi khuẩn (Simple microbial recombinase-based systems).
Cơ sở của phương pháp này dựa trên hoạt động của enzyme recombiase. Enzyme này có khả năng nhận biết các vị trí có trình tự đặc hiệu và cắt chính xác ở vị trí đó. Khi chuyển gen gen mã hóa cho enzyme recombiase vào cây, nếu cây đã được biến nạp gen mục tiêu và gen marker và ở 2 đầu gen marker này có trình tự nhận biết của emzyme recombiase thì enzyme này sẽ cắt ở 2 đầu gen marker và gen marker sẽ bị loại bỏ ra khỏi vị trí liên kết.
• Một số hệ thống tái tổ hợp:
- Hệ thống Cre / loxP. Nó bao gồm enzyme Cre recombinase và vị trí cắt LoxP.
- Hệ thống resolvase / res. Enzyme cắt trong trường hợp này là resolvase. Vị trí cắt tương ứng là chuỗi res.
- Hệ thống FLP / FRT đến từ một nấm men. Trong trường hợp này, trình tự nhận biết là FRT, được nhận biết bởi enzyme recombinase FLP.
Dựa trên hệ thống các yếu tố chuyển vị (transposon)
- Các transposon là các trình tự di động, nó có khả năng tách ra và di chuyển đến các vị trí khác trong genome. Do đó, hệ thống này được sử dụng trong việc tách gen marker ra khỏi vị trí liên kết với gen mục tiêu.
- Các transposon được cảm ứng bởi chất cảm ứng, khi có mặt chất này thì transposon sẽ tách ra và di chuyển đến vị trí khác trong genome.
- Gen marker sẽ được đặt trong các yếu tố di động transposon, khi có mặt chất cảm ứng, các transposon sẽ tách ra và di chuyển đến vị trí khác, làm cho gen marker và gen mục tiêu không còn liên kết với nhau. Qua di truyền, 2 gen này sẽ biểu hiện ở thế hệ sau một cách riêng rẽ và có thể chọn được các cả thể chỉ mang gen mục tiêu.
• Nhược điểm của phương pháp: - Hiệu quả không cao