Về mặt phân loại, tùy theo cách đặt vấn đề mà sự phân chia khác nhau:
1.1. Theo bảng phân loại của Liên Xô 1978
1.1.1. Cyanophyta- Tảo lam
Được phân bố chủ yếu ở vùng nước ngot, ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố b, sản phẩm quan hợp là glycogen. Loại tảo này có khả năng đồng hóa nitơ không khí do cộng sinh với bèo hoa dâu( Anabaena azola)
1.1.2. Chlorophyta -Tảo lục
Được phân bố chủ yếu ở vùng nước ngọt, ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a,b, sản phẩm quang hợp là tinh bột.
1.1.3. Xanthophyta-Tảo vàng ( còn được gọi là tảo roi lệch)
Được phân bố chủ yếu ở vùng nước lợ, ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a,b và sản phẩm quang hợp là leucosin, màng tế bào có chứa pectin
1.1.4. Bacillariophyta- Tảo cát
Được phân bố chủ yếu ở vùng nước mặn, nước lợ ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố b, sản phẩm quan hợp là chất dầu.
Được phân bố chủ yếu ở vùng nước lợ, nước ngọt và một phần ở nước mặn,ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố b, sản phẩm quang hợp là chất dầu và mannit.
1.1.6. Rhodophyta-Tảo đỏ
Được phân bố chủ yếu ở nước mặn, nước lợ ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a, b sản phẩm quang hợp là tinh bột.
1.1.7.Euglenophyta-Tảo mắt
Được phân bố chủ yếu ở nước mặn, nước lợ ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a, b sản phẩm quang hợp là paramilon .
1.1.8. Chrysophya- Tảo ánh vàng
Được phân bố chủ yếu ở nước mặn, nước lợ ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a, b sản phẩm quang hợp là leucosin.
1.1.9. Pyrrophyta-Tảo giáp
Được phân bố chủ yếu ở nước mặn, nước lợ ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a, b sản phẩm quang hợp là tinh bột.
1.1.10. Charophyta – Tảo vòm (vòng )
Được phân bố chủ yếu ở nước mặn, nước lợ tạo thành bụi giống như lùm cây ngoài diệp lục tố a còn chứa sắc tố a, b sản phẩm quang hợp là tinh bột.
1.2. Theo phân loại của Robert Edward lee, 1999
Theo phân loại của Robert Edward lee, 1999- Phyobgy, Cambridge Unit press, tảo được phân thành nhiều ngành do sự sai khác nhau về sắc tố, chất dự trữ, cấu trúc đặc điểm của roi và các dấu hiệu khác .
Kết quả nghiên cứu trên kính hiển vi điện tử, thì tảo được phân chia thành các ngành sau:
Nhóm I: 1.Ngành tảo lam(Cyanophyta) hay vi khuẩn lam( Cyanobacteria) 2.Ngành Glaucophyta
Nhóm II : 3. Ngành tảo đỏ ( Rhodophyta ) 4.Ngành tảo lục (Chlorophyta ) Nhóm III. 5. Ngành tảo mắt
6. Ngành tảo 2 rãnh (Dinophyta)
Nhóm IV. 7. Ngành tảo roi không đều ( Heterokontophyta) chia thành các lớp : - Lớp tảo vàng ánh ( Chrysophyceae )
- Lớp tảo silic hay còn gọi tảo cút ( Bacillariophyceae) - Lớp tảo vàng ( Xanthophyceaea)
- Lớp tào động bào tử có điểm mắt ( Eustigmatophyta) - Lớp tảo nâu ( phhacophyta)
- 8. Ngành tảo có phần bám ( Haptophyta)
Ngành tảo lam gồm những tế bào chưa có cấu trúc nhân điển hình, vì vậy, hiện nay khoa học xếp vào nhóm cơ thể tiền nhân ( Prokaryota)
Gọi là vi khuẩn lam(Cyanobacteria). Tất cả các ngành tảo còn lại cùng với các ngành thực vật khác xếp vào nhóm cơ thể mà tế bào có cấu trúc nhân điển hình
( Eukaryota)