Mục tiêu của chuỗi cung ứng có 2 phần: 1) Loại bỏ hoàn toàn những lãng phí tìm thấy ở bất cứ đâu trong mạng lưới kênh cung ứng, và 2) Tối ưu hoá dòng giá trị khách hàng - từ những thiết kế sản phẩm cao nhất đến ưu việt nhất.
Thứ nhất, chuỗi cung ứng sẽ tạo ra giá trị cho khách hàng ở mỗi điểm tiếp xúc. Và như vậy sẽ đảm bảo cho công ty cũng như mạng lưới các đối tác trong chuỗi cung ứng có thể tạo ra sự khác biệt sâu sắc với đối thủ của mình.
Thứ hai, mục tiêu của mọi chuỗi cung ứng là tối đa hóa giá trị tạo ra cho toàn hệ thống. Giá trị tạo ra của chuỗi cung ứng là sự khác biệt giữa giá trị của sản phẩm cuối cùng đối với khách hàng và nỗ lực mà chuỗi cung ứng dùng vào việc đáp ứng nhu cầu của khách hàng. Đối với đa số các chuỗi cung ứng thương mại, giá trị liên quan mật thiết đến lợi ích của chuỗi cung ứng, sự khác biệt giữa doanh thu mà khách hàng phải trả cho công ty đối với việc sử dụng sản phẩm và tổng chi phí của cả chuỗi cung ứng. Lợi nhuận của chuỗi cung ứng là tổng lợi nhuận được chia sẻ xuyên suốt chuỗi. Lợi nhuận của chuỗi cung ứng càng cao chứng tỏ sự thành công của chuỗi cung ứng càng lớn. Thành công của chuỗi cung ứng nên được đo lường dưới góc độ lợi nhuận của chuỗi chứ không phải đo lượng lợi nhuận ở mỗi giai đoạn riêng lẻ. Vì vậy, trọng tâm không chỉ đơn giản là việc giảm thiểu đến mức thấp nhất chi phí vận chuyển hoặc cắt giảm tồn kho mà hơn thế nữa chính là vận dụng cách tiếp cận hệ thống vào chuỗi cung ứng.
Những lợi ích chính của việc theo đuổi chuỗi cung ứng có thể được tóm lược như sau: Một chuỗi cung ứng giúp công ty và các đối tác trong chuỗi cung ứng tạo ra những khác biệt rõ rệt so với đối thủ cạnh trạnh. Lợi ích này còn được phân chia trên hai lĩnh vực cụ thể : hiệu quả tài chính và lợi thế cạnh trạnh.
Hiệu quả tài chính: chuỗi cung ứng giúp các đối tác trong đó tăng lợi nhuận và thu hút bên liên quan bằng cách tập trung trực tiếp vào nguồn lực thực sự của doanh thu và lợi nhuận-chính là khách hàng.
Lợi thế cạnh tranh: Ngoài lợi ích về hiệu quả tài chính, việc xây dựng quan hệ mật thiết với khách hàng có thể cải thiện rõ ràng vị thế cạnh tranh. Các công ty ngày nay đang cảm thấy bị thu hẹp bởi các công ty lớn như Wal-Mart và hoạt động sản xuất, phân phối dựa trên chi phí thấp, lợi thế nhờ quy mô.