Tiền thân của Viện Khoa học và Kỹ thuật Môi trường (IESE) là Trung tâm Kỹ thuật Môi trường Đô thị và Khu công nghiệp (CEETIA) được thành lập từ năm 1989, do GS. TSKH.NGND. Phạm Ngọc Đăng, nguyên Hiệu trưởng Trường Đại học Xây dựng (ĐHXD) làm Giám đốc. Năm 2007, IESE được thành lập trên cơ sở nâng cấp và hợp nhất CEETIA với Khoa Kỹ thuật Môi trường (KTMT) Trường ĐHXD theo Quyết định số 8168/ QĐ-BGDĐT của Bộ Giáo dục và Đào tạo (GĐ&ĐT). Năm 2014, IESE chuyển đổi sang hoạt động theo cơ chế tự hạch toán theo Nghị định số 115/NĐ-CP và Quyết định số 1542/QĐ-BGDĐT của Bộ GD&ĐT. Viện được Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động KH&CN số A-724 năm 2008, bổ sung thêm ngành nghề năm 2015. Năm 1994, Trạm Quan trắc và phân tích môi trường phía Bắc thuộc Mạng lưới quan trắc môi trường quốc gia được thành lập, đặt tại Trung tâm CEETIA.
Hiện IESE có 62 cán bộ và cộng tác viên (trong đó có 2 GS.TSKH, 3 GS.TS, 14 PGS. TS, 15 TS, 20 hS, 8 ĐH và CĐ). Nguồn nhân lực chủ chốt của Viện gồm các GS, PGS, GV, NCV của Khoa KTMT và các Khoa khác thuộc Trường ĐHXD.
Từ khi hình thành ngành và đào tạo khóa sinh viên đầu tiên tại Khoa Xây dựng (năm1956) đến nay Viện đã có 63 năm kinh nghiệm về đào tạo. Với lĩnh vực nghiên cứu KTMT, tư vấn, quan trắc và phân tích môi trường, triển khai ứng dụng, thiết kế, lắp đặt và cải tạo các hệ thống kiểm soát ô nhiễm môi trường, thực hiện các dịch vụ KH&CN về môi trường đến nay CEETIA đã tròn 30 năm kinh nghiệm.