5 Bostrychus sinensis Lacepède, 1801 Cá Bống bớp CR A1a,c, dE
3.2.1. Đc điểm trình tự gen COI của các loài cá nghiên cứu
3.2.1.1. Thành phần và tỉ lệ nucleotide của các trình tự gen COI cá nghiên cứu
Loài cá Căng cát – Terapon jarbua (Forsskål, 1775)
Tổng số có 60 mẫu cá đƣợc tách chiết và đọc trình tự thành công, trong đó mỗi khu vực nghiên cứu (Cô Tô – Tiên Yên, Hạ Long, Hải Phòng) đều có 20 trình tự. Các trình tự nucleotide đƣợc phân tích có chiều dài 598 nucleotide (bảng 3.6). Tổng giá trị trung bình của thành phần nucleotide A – T – G – C (adenine; thymine; guanine; cytosine) của các trình tự nghiên cứu lần lƣợt đạt 22,6 %; 29,1%; 17,7% và 30,6%. Với giá trị phần trăm GC trung bình có trong các trình tự đạt 48,3%, tỉ lệ này thấp hơn phần trăm của thành phần AT (51,7%). Trong đó, cytosine chiếm cao nhất (30,6%) và Guanine là thấp nhất
Bảng 3.6. Thành phần nucleotide (%) của các mẫu Cá Căngcát
Mẫu T(U) C A G TA GC Tổng nucleotide
Lớn nhất 29,3 30,8 23,1 17,9 52,2 48,5 598,0
Nhỏ
nhất 28,9 30,4 22,4 17,4 51,5 47,8 598,0
Trung
bình 29,1 30,6 22,6 17,7 51,7 48,3 598,0
Loài Cá căng vẩy to – Terapon theraps (Cuvier, 1829)
Tổng số có 60 mẫu cá đƣợc tách chiết và đọc trình tự thành công, trong đó mỗi khu vực nghiên cứu (Cô Tô – Tiên Yên, Hạ Long, Hải Phòng) đều có 20 trình tự. Các trình tự nucleotide đƣợc phân tích có chiều dài 583 nucleotide (bảng 3.7). Tổng giá trị trung bình của thành phần nucleotide A – T – G – C (adenine; thymine; guanine; cytosine) của các trình tự nghiên cứu lần lƣợt đạt 23,2 %; 30,6%; 17,3% và 28,9%. Với giá trị phần trăm GC trung bình có trong các trình tự đạt 46,2%, tỉ lệ này thấp hơn phần trăm của thành phần AT (53,8%). Trong đó, Timine chiếm cao nhất (30,6%) và Guanine là thấp nhất
(17,3%).
Bảng 3.7. Thành phần nucleotide (%) của các mẫu Cá Căng vẩy to
Mẫu T(U) C A G TA GC Tổng nucleotide
Lớn nhất 30,9 29,2 23,5 17,5 54,4 46,7 583,0
Nhỏ nhất 30,2 28,6 23,0 17,2 53,2 45,8 583,0
Trung bình 30,6 28,9 23,2 17,3 53,8 46,2 583,0 Loài cáLượng dơi chéo – Scolopsis taenioptera (Cuvier, 1830)
Tổng số có 60 mẫu cá đƣợc tách chiết và đọc trình tự thành công, trong đó mỗi khu vực nghiên cứu (Cô Tô – Tiên Yên, Hạ Long, Hải Phòng) đều có 20 trình tự. Các trình tự nucleotide đƣợc phân tích có chiều dài 518 nucleotide (bảng 3.8). Tổng giá trị trung bình của thành phần nucleotide A – T – G – C (adenine; thymine; guanine; cytosine) của các trình tự nghiên cứu lần lƣợt đạt
23,6 %; 32,5%; 17,8% và 25,9%. Với giá trị phần trăm GC trung bình trong các trình tự đạt 43,8%, tỉ lệ này thấp hơn phần trăm của AT (56,2%).
Bảng 3.8. Thành phần nucleotide (%) của các mẫu Cá Lƣợng dơi chéo
Mẫu T(U) C A G TA GC Tổng nucleotide
Lớn nhất 32,8 26,4 24,1 18,5 56,9 45,0 518,0
Nhỏ nhất 31,9 25,5 23,0 17,6 54,8 43,1 518,0
Trung bình 32,5 25,9 23,6 17,8 56,2 43,8 518,0
Loài cá Đục bạc – Sillago sihama (Forsskål, 1775)
Tổng số có 51 trình tự nucleotide đƣợc giải trình tự thành công từ tổng số 60 mẫu DNA cá, trong đó khu vực Cô Tô – Tiên Yên có 22 trình tự, khu vực Hạ Long có 11 trình tự và khu vực Hải Phòng có 18 trình tự. Các trình tự nucleotide đƣợc phân tích có chiều dài 509 nucleotide (bảng 3.9). Tổng giá trị trung bình của thành phần nucleotide A – T – G – C (adenine; thymine; guanine; cytosine) của các trình tự nghiên cứu lần lƣợt đạt 22,0 %; 28,9%; 18,5% và 29,6%. Với giá trị phần trăm GC trung bình có trong các trình tự đạt 48,1%, tỉ lệ này thấp hơn phần trăm của thành phần AT (51,9%). Trong đó, thành phần cytosine chiếm cao nhất (29,6%) và Guanine là chiếm thấp nhất (18,5%).
Bảng 3.9. Thành phần nucleotide (%) của các mẫu Cá Đục bạc
Mẫu T(U) C A G TA GC Tổng nucleotide
Lớn nhất 29,1 30,1 23,4 19,1 52,5 49,1 509,0
Nhỏ nhất 28,3 29,5 22,6 18,1 50,9 47,5 509,0
Trung bình 28,9 29,6 23,0 18,5 51,9 48,1 509,0 Đặc biệt, kết quả về thành phần nucleotide của các loài cá trong nghiên cứu này có sự tƣơng đồng với nhiều nghiên cứu trƣớc đây thực hiện ở các khu vực khác nhau ở trên thế giới, nhƣ ở Australia (Ward và cs., 2005), ở Canadia (Hubert và cs., 2008), ở vùng biển Đài Loan (Bingpeng và cs., 2018) hay ở vùng biển Trung Quốc (Wang và cs., 2018).
3.2.1.2. Độ tương đồng giữa các trình tự với cơ sở Genbank
Từ 231 trình tự nucleotide đã đƣợc đọc thành công từ 290 mẫu DNA, thông qua công cụ BLAST trên ngân hàng gen thế giới (NCBI – National Center for Biotechnology Information) thì các trình tự nghiên cứu đã đƣợc đối chiếu, so sánh. Kết quả về mức độ tƣơng đồng (%) giữa các trình tự của các loài cá nghiên cứu với các trình tự của loài đó trên NCBI đƣợc tổng hợp trên bảng 3.10.
Bảng 3.10. Tổng hợp độ tƣơng đồng của các trình tự nghiên cứu với dữ liệu NCBI
Thông số Tỉ lệ số lƣợng các trình tự theo phần trăm tƣơng đồng
Khoảng % tƣơng đồng < 98% 98%≤÷≤99% 99% < ÷ ≤ 100%
Tỉ lệ (%) số lƣợng các 0,00 1,15 98,75
trình tự nghiên cứu 0,00 100,00
Từ kết quả trên bảng 3.10, phần lớn các trình tự nucleotide nghiên cứu đều có độ tƣơng đồng cao với các trình tự nucleotide đã công bố có trên cơ sở dữ liệu thế giới. Trong đó, 100% các trình tự nghiên cứu có độ tƣơng đồng ≥ 98% và 98,75% trình tự có độ tƣơng đồng và > 99% và 0% trình tự có độ tƣơng đồng < 98% so với dữ liệu trên Genbank.
3.2.1.3. Hệ số khoảng cách di truyền giữa các cá thể trong cùng loài cá nghiên cứu
Khoảng cách di truyền vẫn là một trong những chỉ số đáng tiên cậy và là tiêu chí cốt lõi trong phƣơng pháp mã vạch di truyền DNA phân loại sinh vật (Reid et al., 2011). Trong nghiên cứu này, chỉ số khoảng cách di truyền K2P cũng đƣợc tính toán dựa trên phần mêm MEGA.X (bảng 3.11) và kết quả cho thấy, khoảng cách di truyền giữa các cá thể cá trong cùng một loài có giá trị trung bình đều nhỏ hơn rất nhiều so với 2%, điều này có nghĩa là các trình tự nucleotide trong cùng một nhóm cá thể cá là nằm trong cùng 1 loài (Ward,
2009). Kết quả này chỉ ra rằng, các trình tự nucleotide nghiên cứu trong cùng trong từng loài cá nghiên cứu đều nằm trong cùng một loài ngoại trừ hai mẫu (CT_20 và CT_19) trong loài Sillago sihama là có có giá trị K2P lớn hơn 2%.
Bảng 3.11. Tổng hợp khoảng cách di truyền (K2P) trong từng loài cá nghiên cứu
Số lƣợng Giá trị khoảng cách di truyền (K2P; %)
Loài Tên Việt Nam trình tự
Khoảng giao Trung
phân tích
động bình ± SE
Terapon jarbua Cá Căng cát 60 0,00–1,53 0,36 ± 0,39
Terapon theraps Cá Căng vẩy to 60 0,00–0,86 0,37 ± 0,33
Scolopsis taenioptera Cá Lƣợng dơi 60 0,00–1,77 1,20 ± 0,55
chéo
Sillago sihama Cá Đục bạc 51 0,00–6,66 0,48 ± 1,23 Kết quả này phù hợp với kết quả trong các nghiên cứu mã vạch DNA cá biển của các tác giả khác nhau trên thế giới cũng nhƣ ở các vùng trong khu vực. Ví dụ, các giá trị K2P trong bậc phân loại loài lần lƣợt đạt là 0,39% ở Úc (Ward và cs., 2005); 0,30% ở Ấn Độ (Lakra và cs., 2011); 0,18% ở khu vực Biển Đông (Zhang, 2011); 0,21% tại Vịnh Rongcheng, Trung Quốc (Wang và cs., 2018).