Từ thực tiễn áp dụng pháp luật bồi thường về đất khi Nhà nước thu hồi đất trên địa bàn huyện Quế Sơn có thể thấy còn lại một số tồn tại:
Thứ nhất, quy trình thủ tục: Quá trình thực hiện các dự án trải qua nhiều giai đoạn, kéo dài thời gian, làm ảnh hưởng đến tiến độ thu hồi đất, bồi thường đất để giải phóng mặt bằng. Các dự án bị chậm trễ, gây thiệt hại cho các chủ đầu tư, làm chậm tiến độ phát triển kinh tế của Nhà nước.
Thứ hai, ý thực chấp hành pháp luật của người dân: Nhiều hộ dân bị Nhà nước thu hồi đất đã được Nhà nước áp dụng đầy đủ các chính sách đảm bảo quyền lợi, được vận động giao đất nhưng vẫn cố tình chống đối, không chấp hành phương án bồi thường. Mặt khác, họ còn lôi kéo những hộ dân lân cận, kích động mọi người không chấp nhận chính sách của Nhà nước, cản trở thi công dự án, làm chậm tiến độ thực hiện dự án.
Thứ ba, Giá đất bồi thường: Việc bồi thường luôn gặp nhiều vướng mắc vì giá đất bồi thường không thỏa đáng. Nhà nước là đại diện chủ sở hữu đất, có quyền định đoạt mọi vấn đề về đất đai, trong đó có cả giá đất. Cơ quan có thẩm quyền giao đất, cho thuê đất, vừa có thẩm quyền quyết định giá đất, vì vậy chế định này sẽ không giải quyết triệt để được vấn đề vướng mắc, bất cập xung quanh việc thu hồi đất và chứa đựng nguy cơ tham nhũng, khiếu kiện rất cao.
Đơn giá đất do UBND cấp tỉnh phê duyệt chưa sát với giá thị trường nên việc bồi thường cho người dân trong nhiều trường hợp còn chưa thỏa đáng, bất lợi cho người dân. Công tác xác định giá đất bồi thường tiến hành chậm, thiếu phương pháp để đẩy nhanh tiến độ xác định giá đất.
Thứ tư, lập phương án bồi thường: Công tác điều tra, khảo sát đo đạt, thống kê thiệt hại đôi khi còn chưa chính xác; việc lập phương án còn thiếu chặc chẽ, phê duyệt phương án bồi thường còn nhiều trường hợp chưa đảm bảo theo quy định của pháp luật.
Thứ năm, công tác quản lý: Công tác quản lý trên địa bàn còn nhiều bất cập. Các cơ sở dữ liệu về đất đai của huyện chưa được đầu tư xây dựng, làm cho công tác xác minh nguồn gốc sử dụng đất, xác minh điều kiện bồi thường về đất và quản lý đất đai gặp nhiều khó khăn. Năng lực một số cán bộ làm công tác quản lý bồi thường đất còn hạn chế, chưa đảm bảo được yêu cầu công việc, chưa thực hiên hết vai trò của mình trong công tác bồi thường đất.