Bộ NN&PTNT cần nghiên cứu áp dụng các giải pháp mạnh mẽ, có chế tài nghiêm ngặt để chấm dứt hiện tượng có tạp chất và dư lượng kháng sinh trong sản xuất tôm và thủy sản. Nghiên cứu thiết lập hệ thống cơ sở dữ liệu truy xuất nguồn gốc thủy sản xuất khẩu để đảm bảo tuân thủ các yêu cầu về chống đánh bắt thủy sản bất hợp pháp, không được báo cáo và không được quản lý (IUU), đồng thời tạo nền tảng phát triển bền vững ngành thủy sản, bao gồm CSDL quốc gia về khai thác biển & chứng nhận hải sản khai thác; CSDL quốc gia về nuôi trồng thủy sản và chứng nhận thủy sản nuôi (tôm, cá tra).
Cùng với đó, Chính phủ phải điều chỉnh và bổ sung chính sách, quy định tiêu chuẩn về về nhập khẩu sản phẩm thuỷ sản và nguyên liệu thủy sản phục vụ chế biến xuất khẩu phù hợp với chuẩn mực quốc tế được Việt Nam thoả thuận trong các FTA.
Thêm vào đó, cần bổ sung vào hệ thống tiêu chuẩn thuỷ sản các quy định về truy xuất nguồn gốc (chất lượng sản phẩm, thành phần, bao bì, nhãn mác, an toàn vệ sinh thực phẩm và các giấy chứng nhận), quy định trách nhiệm bảo quản, chế biến và tiêu thụ xuất khẩu, quản lý một cửa chuyên nghiệp được chấp nhận trong các hiệp định FTA trên nền tảng tiêu chuẩn quốc tế (SPS, TBT. Codex ...).
Theo đó, chính phủ cần cần điều chỉnh và ban hành các quy chuẩn về chất lượng sản phẩm thủy sản theo chuẩn quốc tế, đồng thời có cơ chế kiểm soát chặt chẽ,đảm bảo việc thực hiện đúng quy trình và phạt thật nặng các doanh nghiệp không tuân thủ. Những mặt hàng xuất khẩu chủ lực như mặt hàng tôm các loại, mặt
hàng cá tra và cá ba sa phi-lê đông lạnh xuất khẩu; cần thực hiện nghiêm túc các quy định về an toàn vệ sinh để bảo vệ thương hiệu của sản phẩm cá tra nói riêng và sản phẩm thủy sản Việt Nam nói chung. Các hành vi vi phạm về chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm cần phải được xử lý kiên quyết và triệt để. Vì các thị trường nhập khẩu sản phẩm thủy sản của Việt Nam ngày càng có những đòi hỏi khắt khe hơn về chất lượng sản phẩm, nhất là mức độ an toàn vệ sinh thực phẩm, chất kháng sinh trong thực phẩm. Nếu không đáp ứng đủ những yêu cầu của đối tác, không có cách nào hàng thủy sản Việt Nam có thể thâm nhập được những thị trường khó tính như Nhật Bản, Mỹ.., Những vi phạm của doanh nghiệp xuất khẩu cũng sẽ ảnh hưởng rất nặng nề đến mặt hàng xuất khẩu nói riêng và ngành thủy sản nói chung. Bảo đảm chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm đang là yêu cầu lớn đối với thủy sản xuất khẩu của Việt Nam hiện nay.
Ngoài ra, chính phủ cũng cần thiết lập hệ thống cơ sở dữ liệu, cập nhật thường xuyên các quy định pháp luật, các hàng rào thuế quan và phi thuế quan, hàng rào kỹ thuật, các thông tin về thị trường, và các cam kết quốc tế của Hoa Kỳ, Nhật Bản, EU và của một số thị trường nhập khẩu chính khác. Đồng thời, Chính phủ cũng nên xây dựng cơ sở dữ liệu về hợp tác quốc tế với các đối tác truyền thống, đối tác tiềm năng phục vụ cho công tác hợp tác quốc tế của ngành.