Trên phương diện quốc gia, việc triển khai thành công hệ thống thông quan tự động tiên tiến sẽ trực tiếp nâng cao hiệu quả thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu góp phần tạo thuận lợi cho thương mại. Việc triển khai dự án không chỉ dừng lại ở vấn đề đưa ra hệ thống tự động hóa phục vụ công tác quản lý nhà nước về hải quan mà còn tạo nên khung pháp lý bền vững trên nền tảng nội luật hóa các cam kết quốc tế, tiệm cận chuẩn mực và thông lệ quốc tế trong quản lý hải quan. Các kết quả của dự án sẽ trực tiếp phục vụ việc sửa đổi Luật Hải quan cũng như tiến hành các hoạt động tiếp theo trong Chiến lược phát triển Hải quan giai đoạn 2011 - 2020. Ngoài ra, toàn bộ các kết quả của dự án chính là bước đi đầu tiên hiện thực hóa cơ chế hải quan một cửa quốc gia, đảm bảo cho việc tham gia Cơ chế một cửa ASEAN theo lộ trình đề ra tại bản “Kế hoạch tổng thể về triển khai Cơ chế một cửa quốc gia và tham gia Cơ chế một cửa ASEAN giai đoạn 2008-2012”. Trên bình diện khu vực và quốc tế, các kết quả của dự án cũng sẽ được sử dụng như các đóng góp về mặt pháp lý, quy trình thủ tục, tiêu chuẩn kỹ thuật cho các hoạt động của ASEAN trong khuôn khổ triển khai cơ chế một cửa ASEAN.
Khi tiến hành các hoạt động của dự án cũng là quá trình chuyển giao các kiến thức kinh nghiệm của Nhật Bản về xây dựng, khai thác, vận hành, bảo trì, bảo dưỡng nâng cấp hệ thống CNTT trong lĩnh vực hải quan cho một đội ngũ cán bộ công chức hải quan tham gia thực hiện dự án. Đội ngũ cán bộ công chức Hải quan này đồng thời sẽ là những người trực tiếp đào tạo rộng rãi cho toàn bộ công chức hải quan về hệ thống mới. Vì vậy, có thể khẳng định kết quả dự án sẽ đem lại sự phát triển bền vững cho ngành hải quan theo hướng hiện đại.
Tóm lại, có thể kết luận dự án sau khi kết thúc sẽ có những tác động tích cực và trực tiếp đối với cả môi trường trong nước và quốc tế, đặc biệt đối với việc thực hiện mục tiêu chiến lược phát triển Hải quan Việt Nam, xây dựng cơ chế hải quan một cửa quốc gia, tham gia Cơ chế một cửa ASEAN, và triển khai Cộng đồng ASEAN vào năm 2020.